diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index ae7045973086f02fc37d3976890b460281fb2cb9..490a7a0190b37f40a240527916eaadde182bc3ee 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -1,9 +1,9 @@
 <<<<<<< HEAD
-output
-.settings
-.classpath
-.project
-
+output
+.settings
+.classpath
+.project
+
 /bin/
 /target/
 =======
@@ -111,6 +111,9 @@ org.*
 /outcmaesxmean.dat
 /outcmaesxrecentbest.dat
 /exploration/scriptR/BruchPrg.R.orig
+.Rproj.user
+/exploration/scriptR/.RData
+/exploration/scriptR/*.Rproj
 /exploration/scriptR/.Rhistory
 /exploration/scriptR/scriptR.Rproj
 /exploration/scriptR/.Rproj.user/
diff --git a/data/input/fishTryRealBV_CC.xml b/data/input/fishTryRealBV_CC.xml
index aeb57e249a91ba06ff9444af889fea25be2c209b..33be2fa3791d5732113d2d96915db188c3609ead 100644
--- a/data/input/fishTryRealBV_CC.xml
+++ b/data/input/fishTryRealBV_CC.xml
@@ -249,7 +249,7 @@
 
 				<species.PopulateBasinNetworkSeveralTimesAccordingToBasinSize>
 					<synchronisationMode>ASYNCHRONOUS</synchronisationMode>
-					<nbFishPerSI>2500</nbFishPerSI>
+					<nbFishPerSI>100000</nbFishPerSI>
 					<initialLength>2.0</initialLength>
 					<etaPopulate>40.0</etaPopulate>
 					<timesOfPopulate>5</timesOfPopulate>
@@ -265,8 +265,8 @@
 					<tempMinGrow>3.0</tempMinGrow>
 					<tempMaxGrow>26.0</tempMaxGrow>
 					<tempOptGrow>17.0</tempOptGrow>
-					<kOptForFemale>0.29</kOptForFemale>
-					<kOptForMale>0.21</kOptForMale>
+					<kOptForFemale>0.3236</kOptForFemale>
+					<kOptForMale>0.2141</kOptForMale>
 					<sigmaDeltaLVonBert>0.2</sigmaDeltaLVonBert>
 				</species.Grow>
 
diff --git a/exploration/scriptR/BruchPrg.R b/exploration/scriptR/BruchPrg.R
index 7b00104bbc1c55ccd43c36b567ee6353b4252c42..0bead5964f9d44f07004eb073c39ab535663cbf6 100644
--- a/exploration/scriptR/BruchPrg.R
+++ b/exploration/scriptR/BruchPrg.R
@@ -60,64 +60,63 @@ temperatureEffect= function(temp, Tmin, Topt, Tmax){
 # ------------------------------------------------
 # temperature effect on growth
 # ------------------------------------------------
-tempData=read.csv("/home/patrick/Documents/workspace/GR3D/data/input/reality/SeasonTempBVFacAtlant1801_2100_newCRU_RCP85.csv", sep=";")
-sel = tempData$NOM=="Garonne" & tempData$Year>=2008 & tempData$Year<=2018
-Tref=colMeans(tempData[sel, c("Winter", "Spring", "summer", "Autumn")])
+tempData = read.csv("/home/patrick/Documents/workspace/GR3D/data/input/reality/SeasonTempBVFacAtlant1801_2100_newCRU_RCP85.csv", sep =";")
+sel = tempData$NOM == "Garonne" & tempData$Yea >= 2008 & tempData$Year <= 2018
+Tref = colMeans(tempData[sel, c("Winter", "Spring", "summer", "Autumn")])
 TrefAtSea = (12 + Tref) / 2
 
-temperature=seq(0,30,.1)
+temperature = seq(0,30,.1)
 # temperature effect on growth
 tempEffects = temperatureEffect(temperature,  3, 17, 26)
-plot(temperature,tempEffects, type='l')
+plot(temperature,tempEffects, type = 'l')
 
-points(TrefAtSea,  temperatureEffect(TrefAtSea, 3, 17, 26), col="red", pch =20)
-text(TrefAtSea, temperatureEffect(TrefAtSea, 3, 17, 26),  c("Winter", "Spring", "Summer", "Autumn"), pos=4)
+points(TrefAtSea,  temperatureEffect(TrefAtSea, 3, 17, 26), col = "red", pch = 20)
+text(TrefAtSea, temperatureEffect(TrefAtSea, 3, 17, 26),  c("Winter", "Spring", "Summer", "Autumn"), pos = 4)
 
-points(Tref,  temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26), col="red")
-text(Tref, temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26),  c("Winter", "Spring", "Summer", "Autumn"), pos=2, cex=.5)
+points(Tref,  temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26), col = "red")
+text(Tref, temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26),  c("Winter", "Spring", "Summer", "Autumn"), pos = 2, cex = .5)
 
-plot(tempData$Year[sel], tempData$Winter[sel], type='l')
+plot(tempData$Year[sel], tempData$Winter[sel], type = 'l')
 
 # ----------------------------------------------
 # growth simulation
 # ----------------------------------------------
 vonBertalaffyGrowth = function(age, L0, Linf, K){
-  t0=log(1-L0/Linf)/K
-  return(Linf*(1-exp(-K*(age-t0))))
+  t0 = log(1 - L0 / Linf) / K
+  return(Linf * (1 - exp(-K * (age - t0))))
 }
 
 vonBertalaffyInverse = function(L, L0, Linf, K){
-  t0=log(1-L0/Linf)/K
-  return (t0 - log(1-L/Linf)/K)
+  t0 = log(1 - L0/Linf)/K
+  return(t0 - log(1 - L/Linf)/K)
 }
 
-KvonBertalaffy = function(age, L, L0, Linf){
-  t0=log(1-L0/Linf)/K
-  return (-log(1-L/Linf)/(age-t0))
+KvonBertalaffy = function(age, L, L0, Linf) {
+  return(-log((Linf - L ) / (Linf - L0)) / age)
 }
 
 #vonBertalaffyInverse(L=40, L0, Linf, koptMale)
 
-Zfct=function(age, Ltarget,  L0, Linf, K, Tref ) {
-  return (sapply(age,function(a) (vonBertalaffyGrowth(a, L0, Linf, K) * mean(temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26)) - Ltarget)^2))
+Zfct = function(age, Ltarget,  L0, Linf, K, Tref ) {
+  return(sapply(age,function(a) (vonBertalaffyGrowth(a, L0, Linf, K) * mean(temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26)) - Ltarget)^2))
 }
 
-Pauly= function(age, t0, Linf, K, D){
-  return(Linf/10*((1-exp(-K*D*(age-t0)))^(1/D)))
+Pauly = function(age, t0, Linf, K, D){
+  return(Linf / 10 * ((1 - exp(-K * D * (age - t0)))^(1 / D)))
 }
 
 # pas cohérent avec la temperature effet sur le coeff de croissance mais ca marche
 vonBertalaffyIncrement = function(nStep, L0, Linf, K, deltaT, sigma, withTempEffect=FALSE, TrefAtSea = c(9.876946, 13.489854, 15.891487, 11.554104) ){
   tempEffect = temperatureEffect( TrefAtSea , 3, 17, 26)
-  L=matrix(nrow=nStep+1)
-  L[1]=L0
+  L = matrix(nrow = nStep + 1)
+  L[1] = L0
   for (i in 1:nStep) {
-    mu = log((Linf-L[i])*(1-exp(-K*deltaT))) - sigma*sigma/2
+    mu = log((Linf - L[i]) * (1 - exp(-K * deltaT))) - sigma * sigma / 2
     increment = exp(rnorm(1, mu, sigma))
-    if (withTempEffect){
-      increment = increment * tempEffect[((i-1) %% 4)+1]
+    if (withTempEffect) {
+      increment = increment * tempEffect[((i - 1) %% 4) + 1]
     }
-    L[i+1]=L[i]+increment
+    L[i + 1] = L[i] + increment
   }
   return(L)
 }
@@ -126,17 +125,17 @@ vonBertalaffyIncrement = function(nStep, L0, Linf, K, deltaT, sigma, withTempEff
 # parametres
 # ----------------------------------------------------
 L0 = 2
-Linf = 80
+Linf = 70
 #kopt = 0.3900707
 #koptMale = 0.2
 #koptFemale = 0.3
-timestep = 0.25
+timestep = 0.25 # time step of the simumation
 sigma = 0.2
 
 tempEffect = mean(temperatureEffect( TrefAtSea, 3, 17, 26))
 
 #c(mean(temperatureEffect( Tref, 3, 17, 26)), mean(temperatureEffect( TrefAtSea, 3, 17, 26)))
-age=seq(0,8,.25)
+age = seq(0,8,.25)
 
 
 # ###########################################################################"
@@ -203,8 +202,9 @@ extractTemp<-as.data.frame(tempData %>%
 )
 
 plot(extractTemp$Lat, extractTemp$meanSpring, pch=20)
+abline(v=45.25) # Garonne
 abline(v=49.25) # vire
-abline(v=53.75) # elbe
+abline(v=52.25) # Rhine
 
 
 abline(h=11)
@@ -212,7 +212,7 @@ abline(h=12.5)
 # ======================================================================
 # exploration of growth for male and female
 # ======================================================================
-correction=mean(temperatureEffect(Tref, 3, 17, 26))
+correction=mean(temperatureEffect(TrefAtSea, 3, 17, 26))
 
 age=seq(0,10,.25)
 present = vonBertalaffyGrowth(age, 2, 60, 0.3900707 * correction)
diff --git a/exploration/scriptR/PatrickPrg.R b/exploration/scriptR/PatrickPrg.R
index 00f56c3b95aa28062cbc64170f8866724642a0db..15fbd030b59be2432277ec2fc0070d346467e92d 100644
--- a/exploration/scriptR/PatrickPrg.R
+++ b/exploration/scriptR/PatrickPrg.R
@@ -1,141 +1,299 @@
 # see BruchPrg for upload of data
 
-# ======================================================================
-#  temp en fonction de la latitude
-# ====================================================================
+basins = read.csv("/home/patrick/Documents/workspace/GR3D/data/input/reality/basins.csv", sep = ";")
+tempData = read.csv("/home/patrick/Documents/workspace/GR3D/data/input/reality/SeasonTempBVFacAtlant1801_2100_newCRU_RCP85.csv", sep = ";")
+
+riverName = "Garonne"
+riverName = "Rhine"
+riverName = "Meuse"
+
+surfaceBasin = basins[basins$nomBV == riverName, 'surface']
+
+sel = tempData$NOM == riverName & tempData$Year >= 1901 & tempData$Year <= 1910
+(TrefInRiver = as.data.frame(t(colMeans(tempData[sel, c("Winter", "Spring", "summer", "Autumn")]))))
+
+
+# =============================== temp en fonction de la latitude ====
 library(dplyr)
 
-extractTemp<-as.data.frame(tempData %>%
-                             filter(Year>1901 & Year <= 1910) %>%
-                             group_by(NOM,Lat)%>%
-                             summarize(meanSpring=mean(Spring)) 
-                           %>% arrange (Lat)
+extractTemp <- as.data.frame(tempData %>%
+                               filter(Year > 1991 & Year <= 2009) %>%
+                               group_by(NOM,Lat) %>%
+                               summarize(meanSpring = mean(Spring)) 
+                             %>% arrange(Lat)
 )
 
-plot(extractTemp$Lat, extractTemp$meanSpring, pch=20)
-abline(v=49.25) # vire
-abline(v=53.75) # elbe
+plot(extractTemp$Lat, extractTemp$meanSpring, pch = 20)
+abline(v = 45.25) # Garonne
+abline(v = 49.25) # vire
+abline(v = 52.25) # Rhine
+
+extractTemp %>% filter(NOM == riverName)
 
+abline(h = 11)
+abline(h = 12.5)
 
-abline(h=11)
-abline(h=12.5)
+levels(extractTemp$NOM)
 
 
-# ========================================================================
-# effect temperature sur la reproduction
-# ========================================================================
+# ==== effect temperature sur la reproduction ====================================
 
-thermalBevertonHolt = function (stock, temperature, juvenileTolerance) {
+
+temperatureEffect = function(tempWater, TminRep, ToptRep, TmaxRep){
+  #  if (tempWater<=TminRep | tempWater >= TmaxRep)
+  #    return(0)
+  #  else
+  response = (tempWater - TminRep) * (tempWater - TmaxRep) / ((tempWater - TminRep) * (tempWater - TmaxRep) - (tempWater - ToptRep)^2)
+  
+  response[tempWater <= TminRep | tempWater >= TmaxRep] = 0
+  return(response)
+  
+}
+
+thermalBevertonHolt = function(stock, temperature, juvenileTolerance, surface = 84810) {
   survOptRep = 0.0017
-  surface =84810
   delta_t = 0.33
   lambda = 4.1E-4
-  a=135000 # ~fecondité
+  a = 135000 # ~fecondité
   tempEffect = temperatureEffect(temperature, juvenileTolerance[1], juvenileTolerance[2], juvenileTolerance[3] )
   b =  -log(survOptRep * tempEffect)/delta_t
   c = lambda/surface
   
   eta = 2.4
-  theta =1.9
+  theta = 1.9
   #theta = 1.15
   S95 = eta * surface
   S50 = S95 / theta
   
-  AlleeEffect = 1 / (1+ exp(-log(19) * (S - S50) / (S95 - S50))) 
+  AlleeEffect = 1 / (1 + exp(-log(19) * (stock - S50) / (S95 - S50))) 
   
   alpha = (b * exp(-b * delta_t)) / (c * (1 - exp(-b * delta_t)))
   alpha[tempEffect == 0] = 0
-  beta = b /(a * c * (1-exp(-b * delta_t)))
+  beta = b / (a * c * (1 - exp(-b * delta_t)))
   
   recruit = alpha * stock * AlleeEffect / (beta + stock * AlleeEffect)
-  return (recruit)
+  return(recruit)
+}
+
+stockAtCrash = function(temperature, juvenileTolerance, surface = 84810) {
+  survOptRep = 0.0017
+  delta_t = 0.33
+  lambda = 4.1E-4
+  a = 135000 # ~fecondité
+  tempEffect = temperatureEffect(temperature, juvenileTolerance[1], juvenileTolerance[2], juvenileTolerance[3])
+  b =  -log(survOptRep * tempEffect) / delta_t
+  b[b == Inf] = 0
+  c = lambda / surface
+  
+  eta = 2.4
+  theta = 1.9
+  #theta = 1.15
+  S95 = eta * surface
+  S50 = S95 / theta
+  
+  beta = b / (a * c * (1 - exp(-b * delta_t)))
+  
+  res = S50 + (S95 - S50) * log(beta * log(19) / (S95 - S50)) / log(19)
+  res[is.nan(res)] = 0
+  return(res)
 }
 
-thermalBevertonHoltWithoutAllee = function (stock, temperature, juvenileTolerance) {
+
+thermalBevertonHoltWithoutAllee = function(stock, temperature, juvenileTolerance, surface = 84810)  {
   survOptRep = 0.0017
-  surface =84810
   delta_t = 0.33
   lambda = 4.1E-4
-  a=135000 # ~fecondité
+  a = 135000 # ~fecondité
   tempEffect = temperatureEffect(temperature, juvenileTolerance[1], juvenileTolerance[2], juvenileTolerance[3] )
   b =  -log(survOptRep * tempEffect)/delta_t
   c = lambda/surface
   
-  
   alpha = (b * exp(-b * delta_t)) / (c * (1 - exp(-b * delta_t)))
   alpha[tempEffect == 0] = 0
-  beta = b /(a * c * (1-exp(-b * delta_t)))
+  beta = b / (a * c * (1 - exp(-b * delta_t)))
   
   recruit = alpha * stock  / (beta + stock )
-  return (recruit)
+  return(recruit)
 }
 
 
 modifiedBevertonHolt = function(stock){
-  alpha = 6.4e6
+  alpha = 6.4e6 # for the Garonne River !!!
   beta = .172e6
-  d=19.2
+  d = 19.2
   
-  return  (alpha * (S^d) / ((beta^d) + (S^d)))
+  return(alpha * (stock^d) / ((beta^d) + (stock^d)))
+}
+
+survivingRecruit = function(stock, temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, surface){
+  survStock = stock * temperatureEffect(temperature, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3])
+  recruit = thermalBevertonHolt(survStock, temperature, juvenileTolerance, surface)
+  survRecruit =  recruit * exp(-sigmaZ)
+  return(survRecruit)
 }
 
-temperature =18
 
-juvenileTolerance = c(9.8, 20, 26)
+
 spawnerTolerance = c(10, 20, 23)
-Z=0.4
+juvenileTolerance = c(9.8, 20, 26)
 
-S=seq(0, 1e6, 100)
-plot(S, thermalBevertonHolt(S, Tref[2], juvenileTolerance), type ='l', ylab ='R', ylim = c(0, 8e6) )
-lines(S, thermalBevertonHolt(S, Tref[2]+2, juvenileTolerance), col='red')
-lines(S, thermalBevertonHolt(S, Tref[2]-2, juvenileTolerance), col='blue')
 
+spawnerTolerance = c(10.7, 17, 25.7) #  spawning temperature range Paumier et al 2019
+juvenileTolerance = c(10.8, 20.8, 29.8) #tolerance temperature range Jatteau 2017
+
+Tmin = 8
+spawnerTolerance = c(Tmin, 20, 23) 
+juvenileTolerance = c(Tmin, 16, 23) 
+
+sigmaZ = 0.4 * 5 # Z * lifespan of female
+propFemale = 0.5
+
+# ================================ stock-recruitment relationship at 1900-1910 SPRING temperature ====
+
+ymax = 1e7
+S = seq(0, 1e6, 100)
+# with spawner mortality according to temperature
+survS = S * temperatureEffect(TrefInRiver$Spring, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3])
+plot(S, thermalBevertonHolt(survS, TrefInRiver$Spring, juvenileTolerance, surface = surfaceBasin), type = 'l',
+     xlab = 'Stock (female)', ylab = 'R (female and male)', ylim = c(0, ymax) )
+lines(S, thermalBevertonHolt(survS, TrefInRiver$Spring + 2, juvenileTolerance, surface = surfaceBasin), col = 'red')
+lines(S, thermalBevertonHolt(survS, TrefInRiver$Spring - 2, juvenileTolerance, surface = surfaceBasin), col = 'blue')
+# replacement line with prop of female in recruit
+lines(c(0, ymax * exp(-sigmaZ) * propFemale), c(0, ymax), col = 'green', lty = 2)
+
+
+# =============================== comparison with Rougier et al stock-recruitment relationship for the Garonne River ======
+
+tempe = TrefInRiver$Spring
+tempe = as.numeric(tempData %>%
+  filter(Year > 1991 & Year <= 2009 & NOM == riverName) %>%
+  summarize(meanSpring = mean(Spring), meanSummer = mean(summer)) )
+tempe = juvenileTolerance[2]
+tempe = 20.2 # Rougier 2014
+
+Stot = seq(0, 2e6, 1e4)
+ymax = 1e7
+
+survS = Stot * temperatureEffect(tempe, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3])
+plot(Stot, thermalBevertonHolt(stock = survS * propFemale, temperature = tempe, juvenileTolerance = juvenileTolerance, 
+                               surface = surfaceBasin),
+     type = 'l', xlab = 'Total stock (2 x female)', ylab = 'R (female and male)', ylim = c(0, ymax) )
+# lines(Stot, thermalBevertonHolt(stock = survS, temperature = tempe, juvenileTolerance = juvenileTolerance, surface = surfaceBasin), lty = 3)
+lines(Stot, thermalBevertonHoltWithoutAllee(Stot * propFemale, tempe, juvenileTolerance,  surface = surfaceBasin), col = 'blue')
+## lines(Stot, thermalBevertonHolt(Stot, tempe, juvenileTolerance), lty=2 )
+lines(Stot, modifiedBevertonHolt(Stot), col = 'green') # for the Garonne River
+# replacement line
+lines(c(0, ymax * exp(-sigmaZ)), c(0, ymax), col = 'green', lty = 2)
+
+# ===================================== stock at equilibrium =============================================================
+stocksAtEquilibrium = function(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, surface, propFemale = 0.5) {
+
+   # !!!!! stock and recruit consider only females !!!!!!
+  objFct = function(stock, temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, surface){
+    survRecruit = survivingRecruit(stock, temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, surface) * propFemale 
+    return((survRecruit - stock)^2)
+  }
+  
+  stockatequilibrium = 0
+  stockattrap = 0
+  
+  # stock at crash before the spawner mortality
+  tempEffSpawner =  temperatureEffect(temperature, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3])
+  stockatcrash = ifelse(tempEffSpawner > 0, stockAtCrash(temperature, juvenileTolerance, surface) / tempEffSpawner, 0)
+  
+  
+  if (stockatcrash > 0) {
+    recruitatcrash = thermalBevertonHolt(stockatcrash * tempEffSpawner,
+                                         temperature, juvenileTolerance, surface) * propFemale 
+    sigmaZatcrash = -log(stockatcrash / recruitatcrash)
+    
+    if (sigmaZ < sigmaZatcrash) {
+      stockattrap =  optimise(objFct, c(0,  stockatcrash), temperature = temperature, juvenileTolerance = juvenileTolerance, spawnerTolerance = spawnerTolerance, 
+                              sigmaZ = sigmaZ, surface = surface)$minimum
+      
+      stockatequilibrium = optimise(objFct, (c(1, 100) * stockatcrash), temperature = temperature, juvenileTolerance = juvenileTolerance, spawnerTolerance = spawnerTolerance, 
+                                      sigmaZ = sigmaZ, surface = surface)$minimum
+    }
+  }
+  
+  return(c(stockatequilibrium, stockattrap, stockatcrash))
+}
 
-Stot=seq(0, 0.3e6, 100)*2
-plot(Stot, thermalBevertonHolt(Stot/2, juvenileTolerance[2], juvenileTolerance), type ='l', ylab ='R', ylim = c(0, 8e6) )
-lines(Stot, thermalBevertonHoltWithoutAllee(Stot/2, juvenileTolerance[2], juvenileTolerance), col ='blue')
-## lines(Stot, thermalBevertonHolt(Stot, juvenileTolerance[2], juvenileTolerance), lty=2 )
-lines(Stot, modifiedBevertonHolt(Stot), col = 'green')
+temperature = seq(5,30,.1)
 
+stocks = as.data.frame(t(sapply(temperature, function(temp) (stocksAtEquilibrium(temp, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, surface = surfaceBasin)))))
+names(stocks) = c('atEquilibrium', 'atTrap', 'atCrash')
+stocks$temperature = temperature
 
+sel = TRUE
+plot(stocks$temperature[sel], stocks$atEquilibrium[sel], type = 'l', xlab = 'T (°C)', ylab = 'Stock (# female)' , main = riverName)
+lines(stocks$temperature[sel], stocks$atTrap[sel], col = 'red')
+legend('topleft', legend = c('at equilibrium', 'at trap'), col = c('black', 'red'), lty = 1)
+max(stocks$temperature[stocks$atEquilibrium == 0 & stocks$temperature < 20])
 
-thermBH_without = sapply(temperature, function(temp) (thermalBevertonHolt(stock = 4e5, temp)))
-plot(temperature, thermBH_without, type='line,', ylab ='recruit')
+# verif
+tempe = 14.4
+stocks[stocks$temperature == tempe, ]
 
-thermBH_with = sapply(temperature, function(temp) (thermalBevertonHolt(stock = 4e5 *  
-                                                                         temperatureEffect(temp, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3]), temp, juvenileTolerance)))
-lines(temperature, thermBH_with, col='red')
 
 
-recruitProduction = function(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, Z, stock) {
-  survivingStock = stock * temperatureEffect(temperature, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3])
-  recruit = sapply(1:length(temperature), function(i) (thermalBevertonHolt(survivingStock[i], temperature[i], juvenileTolerance)))
-  survivingRecruit =  recruit * exp(-Z*5)
-  return(survivingRecruit)
-}
+S = seq(0, 5e5, 1e3) # only females
 
+recruit = thermalBevertonHolt(S * temperatureEffect(tempe, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3]),
+                              temperature = tempe, juvenileTolerance = juvenileTolerance, surface = surfaceBasin) * propFemale
 
-fct = function(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, Z, stock){
-  return( (recruitProduction(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, Z, stock) -stock)^2)
-}
+plot(S, recruit, type = 'l', xlab = 'Stock (# female)', ylab = 'Recruit (# of female)', main = paste(riverName, surfaceBasin))
+lines(c(0, max(recruit) * exp(-sigmaZ)), c(0, max(recruit)), col = 'green', lty = 2)
+sAtEqui = stocks$atEquilibrium[stocks$temperature == tempe]
+sAtCrash = stocks$atCrash[stocks$temperature == tempe]
+sAtTrap = stocks$atTrap[stocks$temperature == tempe]
+points(sAtEqui, thermalBevertonHolt(sAtEqui * temperatureEffect(tempe, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3]),
+                                    temperature = tempe, juvenileTolerance = juvenileTolerance, surface = surfaceBasin) * propFemale,
+       pch = 20) 
+points(sAtTrap, thermalBevertonHolt(sAtTrap * temperatureEffect(tempe, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3]),
+                                    temperature = tempe, juvenileTolerance = juvenileTolerance, surface = surfaceBasin) * propFemale, 
+       col = 'red', pch = 20 )
+points(sAtCrash, thermalBevertonHolt(sAtCrash * temperatureEffect(tempe, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3]),
+                                    temperature = tempe, juvenileTolerance = juvenileTolerance, surface = surfaceBasin) * propFemale)
 
 
-stock =4e5
-temperature =seq(0,30,.1)
-plot(temperature, recruitProduction(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, Z, stock), type='l')
-plot(temperature, fct(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, Z, stock), type='l')
+# ==== recruitment according to temperature ===========================
+# but need to fix a reference stock !
+refStock = 1.5e6 / 2 # female !!!
+temperature = seq(5,30,.1)
 
+thermBH_with = sapply(temperature, function(temp) (thermalBevertonHolt(stock = refStock *  
+                                                                         temperatureEffect(temp, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3]), temp, juvenileTolerance)))
+plot(temperature, thermBH_with, type = "l", ylab = 'recruit')
+
+# verify impact of Allee effect 
+thermBH_without = sapply(temperature, function(temp) (thermalBevertonHolt(stock = refStock, temp, juvenileTolerance)))
+lines(temperature, thermBH_without, col = 'red')
 
-optimise(fct, interval = c(5, 20),  stock=stock, Z=Z, juvenileTolerance = c(9, 18, 26), spawnerTolerance = c(9, 18, 26) )$minimum
 
-plot(temperature, thermBH_with * exp(-Z*5), ylab = 'surviving spawner' , type = 'line')
+# ===== with a fixed reference stock
+recruitProduction = function(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, refStock) {
+  survivingStock = refStock * temperatureEffect(temperature, spawnerTolerance[1], spawnerTolerance[2], spawnerTolerance[3])
+  recruit = sapply(1:length(temperature), function(i) (thermalBevertonHolt(survivingStock[i], temperature[i], juvenileTolerance)))
+  survivingRecruit =  recruit * exp(-sigmaZ) # surviving spawners
+  return(survivingRecruit)
+}
 
+refStock = 2e5 
+temperature = seq(5,30,.1)
+plot(temperature, recruitProduction(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, refStock = refStock), type = 'l',
+     ylab = "survival spawner")
+abline(h = refStock)
 
-abline(h=4e5)
-#lines(temperature, thermBH_with * exp(-(Z/2)*5), col='green')
-cbind(temperature, thermBH_with *exp(-Z*5) -4e5)
+fct = function(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, refStock){
+   return( (recruitProduction(temperature, juvenileTolerance, spawnerTolerance, sigmaZ, refStock) - refStock)^2)
+ }
+ optimise(fct, interval = c(5, 20),  refStock=refStock, sigmaZ=sigmaZ, juvenileTolerance , spawnerTolerance )$minimum
 
 
+# ===================
+# OLD
+# ==================
 # temperature effect on spawner survival 
 plot(temperature, temperatureEffect(temperature, 10, 20, 23), type='l', type = 'line')
 
diff --git a/exploration/scriptR/dataSimulation3.rdata b/exploration/scriptR/dataSimulation3.rdata
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..2eb4f979351c5d870a45074da76f6449bb0fffbf
Binary files /dev/null and b/exploration/scriptR/dataSimulation3.rdata differ
diff --git a/exploration/scriptR/envCondition.csv b/exploration/scriptR/envCondition.csv
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..4ba446488ef56c7d0ced2313f91a86e2559bf441
--- /dev/null
+++ b/exploration/scriptR/envCondition.csv
@@ -0,0 +1,8390 @@
+lien;site;date;saison;p;Temp;Q;DL;deltaDL;deltaT;deltaQ;Temp1;Q1;DL1;deltaDL1;deltaT1;deltaQ1;juvenileSurvival
+Dordogne_2004;Dordogne;2004-01-02;2004;0.0789637824054807;0.161716171617162;0.567739833998922;0.0121052190667673;0.426470588235289;0.598039215686275;0.450090917691579;5.4;5.42053499927229;8.95027777777778;0.0136111111111106;-0.199999999999999;-0.104917939859497;3.00824367379506e-05
+Dordogne_2004;Dordogne;2004-01-03;2004;0.471262346953154;0.161716171617162;0.566784540996367;0.0143670939096928;0.435661764705884;0.617647058823529;0.500859135194587;5.4;5.41610040220442;8.96527777777778;0.0150000000000006;0;-0.00443459706786609;2.72717453520201e-05
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+Dordogne_2004;Dordogne;2004-01-15;2004;0.411328929942101;0.240924092409241;1;0.0546619753706963;0.523897058823521;0.490196078431373;0.537292553038176;7.8;7.42714413340862;9.2325;0.0283333333333324;-1.3;0.0676764951529947;NA
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+Garonne_2016;Garonne;2016-11-12;2016;0.268710947362706;0.36963696369637;0.349166536951514;0.132780430593952;0.0716911764705933;0.637254901960784;0.355673132127745;11.7;5.30826769740121;9.75055555555556;-0.0399999999999991;0.199999999999999;0.137783702363054;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-13;2016;0.320377462077886;0.36963696369637;0.360511355617364;0.126832537488481;0.0753676470588174;0.617647058823529;0.325786399051653;11.7;5.36129216570943;9.71111111111111;-0.0394444444444453;0;0.0530244683082204;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-14;2016;0.422254599398002;0.35973597359736;0.322104696279834;0.120968417525342;0.079044117647065;0.588235294117647;0.243793513177172;11.4;5.18178355029209;9.67222222222222;-0.0388888888888879;-0.299999999999999;-0.17950861541734;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-15;2016;0.158951447578147;0.356435643564356;0.380629263766847;0.115188070704532;0.0827205882352891;0.607843137254902;0.40354094858318;11.3;5.4553211153577;9.63388888888889;-0.038333333333334;-0.0999999999999996;0.273537565065617;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-16;2016;0.238224466564134;0.356435643564356;0.347037619815783;0.109491497026054;0.0863970588235367;0.617647058823529;0.251728895660472;11.3;5.29831736654804;9.59611111111111;-0.0377777777777766;0;-0.157003748809665;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-17;2016;0.464149423874915;0.356435643564356;0.312265978651879;0.103962469632236;0.0937499999999967;0.617647058823529;0.24978420214206;11.3;5.13579843705026;9.55944444444444;-0.0366666666666671;0;-0.162518929497774;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-18;2016;0.093134674243629;0.353135313531353;0.301952926548123;0.0984753288095836;0.0955882352941087;0.607843137254902;0.290093161432141;11.2;5.08759633523238;9.52305555555555;-0.0363888888888901;-0.100000000000001;-0.0482021018178784;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-19;2016;0.220568816177547;0.353135313531353;0.289723632018049;0.0931138477004275;0.10110294117648;0.617647058823529;0.286935099543844;11.2;5.03043792139244;9.4875;-0.035555555555554;0;-0.0571584138399484;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-20;2016;0.713300190400332;0.353135313531353;0.272248257339057;0.0878780263047668;0.106617647058816;0.617647058823529;0.278289301103255;11.2;4.94875989037817;9.45277777777778;-0.0347222222222232;0;-0.0816780310142668;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-21;2016;0.218690045410767;0.353135313531353;0.270725443744239;0.0827678646226021;0.112132352941176;0.617647058823529;0.304579907390197;11.2;4.9416424226093;9.41888888888889;-0.0338888888888889;0;-0.00711746776886457;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-22;2016;0.3243840909563;0.34983498349835;0.29524534252209;0.0777414760827679;0.115808823529412;0.607843137254902;0.347499579913077;11.1;5.05624580534831;9.38555555555556;-0.0333333333333332;-0.0999999999999996;0.114603382739004;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-23;2016;0.497187819797546;0.34983498349835;0.542224526022674;0.072882633827595;0.123161764705884;0.617647058823529;0.714123436650582;11.1;6.21060007702465;9.35333333333333;-0.0322222222222219;0;1.15435427167635;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-24;2016;0.338995188707486;0.33993399339934;0.61900877098003;0.0681075647147526;0.126838235294119;0.588235294117647;0.433633796293734;10.8;6.5694814204143;9.32166666666667;-0.0316666666666663;-0.299999999999999;0.358881343389643;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-25;2016;0.171861780807376;0.336633663366337;0.671675481744672;0.063458155315406;0.132352941176467;0.607843137254902;0.393886912221209;10.7;6.81563999007433;9.29083333333333;-0.0308333333333337;-0.100000000000001;0.246158569660035;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-26;2016;0.49675860023126;0.313531353135314;0.626382154226586;0.0590181787718857;0.141544117647051;0.549019607843137;0.232443944865946;10;6.60394382460047;9.26138888888889;-0.0294444444444455;-0.699999999999999;-0.211696165473858;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-27;2016;0.621296436991543;0.303630363036304;0.558356264131782;0.0546200887995311;0.143382352941187;0.588235294117647;0.194979562222665;9.7;6.28599809450886;9.23222222222222;-0.029166666666665;-0.300000000000001;-0.317945730091608;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-28;2016;0.826500334544107;0.3003300330033;0.49264822781176;0.0504314316830025;0.152573529411759;0.607843137254902;0.198799499391496;9.6;5.97888576490112;9.20444444444444;-0.0277777777777786;-0.0999999999999996;-0.307112329607743;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-29;2016;0.00728616048581898;0.303630363036304;0.456758494631129;0.04636843427997;0.158088235294118;0.627450980392157;0.247941531435505;9.7;5.8111409929767;9.1775;-0.0269444444444442;0.0999999999999996;-0.167744771924421;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-11-30;2016;0.197659569326788;0.303630363036304;0.426535280142367;0.0424310965904332;0.163602941176466;0.617647058823529;0.257280233300332;9.7;5.66988092298052;9.15138888888889;-0.0261111111111116;0;-0.141260069996181;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-01;2016;0.943960112985224;0.29042904290429;0.402347122263388;0.0386613051855575;0.170955882352938;0.57843137254902;0.267226303803369;9.3;5.55682806169954;9.12638888888889;-0.0250000000000004;-0.399999999999999;-0.113052861280982;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-02;2016;0.230535364476964;0.267326732673267;0.383354834471007;0.035059060065343;0.17830882352941;0.549019607843137;0.275789353588546;8.6;5.46806014113513;9.1025;-0.0238888888888891;-0.700000000000001;-0.0887679205644059;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-03;2016;0.00530812656506896;0.227722772277228;0.372237819347587;0.0316243612297897;0.185661764705881;0.5;0.288768190782743;7.4;5.41610040220442;9.07972222222222;-0.0227777777777778;-1.2;-0.0519597389307114;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-04;2016;0.481995057547465;0.198019801980198;0.328031790176702;0.0283572086788976;0.193014705882353;0.529411764705882;0.234235866088619;6.5;5.20948615284142;9.05805555555555;-0.0216666666666665;-0.9;-0.206614249362999;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-05;2016;0.583132387837395;0.277227722772277;0.307171585433709;0.0252157158415014;0.198529411764713;0.852941176470588;0.27271093446411;8.9;5.11198778835654;9.03722222222222;-0.0208333333333321;2.4;-0.0974983644848777;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-06;2016;0.19549622409977;0.240924092409241;0.344887306169523;0.0222836558599313;0.207720588235285;0.509803921568627;0.369246944358124;7.8;5.28826703069454;9.01777777777778;-0.0194444444444457;-1.1;0.176279242337992;NA
+Garonne_2016;Garonne;2016-12-07;2016;0.424426505342126;0.227722772277228;0.338303574191439;0.0195191421630226;0.215073529411768;0.57843137254902;0.296239264658117;7.4;5.25749537202778;8.99944444444444;-0.0183333333333326;-0.399999999999999;-0.0307716586667537;NA
\ No newline at end of file
diff --git a/exploration/scriptR/journVSsaison.R b/exploration/scriptR/journVSsaison.R
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..74692ad7a068a5b70cbc17845fe3dfd396df49a8
--- /dev/null
+++ b/exploration/scriptR/journVSsaison.R
@@ -0,0 +1,87 @@
+library(dplyr)
+library(survival)
+library(lme4)
+#library(pracma)
+#library(data.table)
+
+rm( list = ls())
+
+# ===== TSR Jatteau et al 2017 corrected (see script_TSR v3.R) ================================================
+
+# with lme output
+dailySurvivalEmbryo = function(temperature, modelSurvivalEmbryo, parDurationIncubation){
+  sel = is.na(temperature)
+  temperature[sel] = 0
+  duration = round(parDurationIncubation[1] * temperature^parDurationIncubation[2])
+  predict_matrix = model.matrix(~Temp+I(Temp^2)+I(Temp^3),data = data.frame(Temp = temperature))
+  surv = (1 / (1 + exp(-predict_matrix %*% fixef(modelSurvivalEmbryo))))^(1 / duration)
+  surv[sel] = NA
+  return(surv)
+}
+
+dailySurvivalLarvae = function(temperature, modelSurvivalLarvae) {
+  sel = is.na(temperature)
+  temperature[sel] = 0
+  pred_matrix = model.matrix(~Temp + I(Temp^2)+ I(Temp^3), data = data.frame(Temp = temperature))
+  surv = exp(-1/exp(pred_matrix %*% (modelSurvivalLarvae$coefficients[1:4])))
+  surv[sel] = NA
+  return(surv)
+}
+
+# with lme coeff
+dailySurvivalEmbryoCoeff = function(temperature, modelSurvivalEmbryoCoeff, parDurationIncubation){
+  sel = is.na(temperature)
+  temperature[sel] = 0
+  duration = (parDurationIncubation[1] * temperature ^ parDurationIncubation[2]) # remove the round() to smooth the curve
+  predict_matrix = model.matrix(~ Temp + I(Temp ^ 2) + I(Temp ^ 3), data = data.frame(Temp = temperature))
+  surv = (1 / (1 + exp(-predict_matrix %*% modelSurvivalEmbryoCoeff))) ^ (1 / duration)
+  surv[sel] = NA
+  return(surv)
+}
+
+dailySurvivalLarvaeCoeff = function(temperature, modelSurvivalLarvaeCoeff) {
+  sel = is.na(temperature)
+  temperature[sel] = 0
+  pred_matrix = model.matrix(~Temp + I(Temp^2) + I(Temp^3), data = data.frame(Temp = temperature)) 
+  surv = exp(-1/exp(pred_matrix %*% (modelSurvivalLarvaeCoeff)))
+  surv[sel] = NA
+  return(surv)
+}
+
+parDurationIncubation = c(1124.531453,  -1.834438)
+modelSurvivalEmbryoCoeff = c(-1.245015E+01,  1.120331E+00 , -7.830614E-03, -6.112982E-04)
+modelSurvivalLarvaeCoeff = c(-1.851093E+00,  5.132855E-01, -1.020347E-02, -7.005887E-05 )
+horizon = 14 
+temperature = seq(5,35,.1)
+
+embryoSurvival =  dailySurvivalEmbryoCoeff(temperature, modelSurvivalEmbryoCoeff, parDurationIncubation)
+larvalSurvival =  dailySurvivalLarvaeCoeff(temperature, modelSurvivalLarvaeCoeff)^horizon
+
+plot(temperature, embryoSurvival, type = 'l')
+lines(temperature, larvalSurvival)
+
+plot(temperature, embryoSurvival * larvalSurvival, type = 'l')
+
+temperature = seq(5, 30,.1)
+duration = (parDurationIncubation[1] * temperature ^ parDurationIncubation[2]) 
+plot(temperature, duration, type ='l')
+
+# ==== observed data ========================================================================
+envGGD = read.csv("envCondition.csv", sep = ";")
+repro = read.csv("reproMonitoring.csv", sep = ";")
+
+envGGD = envGGD %>% mutate(dateC = as.character(date), date = as.Date(date)) %>% mutate(month = format(date, '%m'))
+repro = repro %>% mutate(dateC = as.character(date), date = as.Date(date)) %>% mutate(month = format(date, '%m'))
+
+
+elabData =   envGGD %>% left_join(select(repro, one_of(c("lien", "dateC", "Bulls", "BullsRelative"))), by = c("lien", "dateC")) %>% 
+  filter(month %in% c('04', '05', '06'))
+
+myData = elabData %>% group_by(lien) %>% summarise(meanWaterTemp = mean(Temp1), meanSurvival = mean(juvenileSurvival, na.rm = TRUE))
+
+
+plot(elabData$Temp1, elabData$juvenileSurvival, pch = 20, col = "grey", xlim = c(10,30), ylim = c(0,1),
+     xlab = 'water temperature', ylab = 'juvenile survival')
+points(myData$meanWaterTemp, myData$meanSurvival)
+lines(temperature, embryoSurvival * larvalSurvival)
+       
\ No newline at end of file
diff --git a/exploration/scriptR/reproMonitoring.csv b/exploration/scriptR/reproMonitoring.csv
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..d167e77326cf60f71e1068ac97e18340d79fd14b
--- /dev/null
+++ b/exploration/scriptR/reproMonitoring.csv
@@ -0,0 +1,1750 @@
+lien;Site;Saison;date;Bulls;BullsRelative;foldOne;foldTwo;foldThree;foldFour
+Dordogne_2004;Dordogne;2004;2004-05-18;0;0;TRUE;TRUE;TRUE;FALSE
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\ No newline at end of file
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index 89a5dfb16a6ebcaa84719f09cf5c73c5b471fe70..fbd687b2ceb3c5416102cc2661bacd2330c64452 100644
--- a/src/main/java/species/PopulateBasinNetworkSeveralTimesAccordingToBasinSize.java
+++ b/src/main/java/species/PopulateBasinNetworkSeveralTimesAccordingToBasinSize.java
@@ -32,21 +32,24 @@ public class PopulateBasinNetworkSeveralTimesAccordingToBasinSize extends AquaNi
 		if (Time.getNbYearFromBegin(group.getPilot()) <= timesOfPopulate && Time.getSeason(group.getPilot()) == populateSeason){
 
 			for (RiverBasin riverBasin : group.getEnvironment().getRiverBasins()){
-			
+				// the stock recruitment relationship targets only females
 				int numberOfFemaleToPopulate = (int) Math.round(etaPopulate* riverBasin.getAccessibleSurface()) ;
-				int nbFemaleSI= numberOfFemaleToPopulate/nbFishPerSI ;
-				int nbMaleSI = nbFemaleSI;
+				int nbSI= numberOfFemaleToPopulate / nbFishPerSI ;
+				int remainingIndividuals =  numberOfFemaleToPopulate - nbFishPerSI * nbSI ;
 				
-				for (int i=0; i < nbFemaleSI; i++){
+				for (int i=0; i < (nbSI-1); i++){
 					group.addAquaNism(new DiadromousFish(group.getPilot(), riverBasin, initialLength, nbFishPerSI, Gender.FEMALE));
 				}
-				for (int i=0; i < nbMaleSI; i++){
+				group.addAquaNism(new DiadromousFish(group.getPilot(), riverBasin, initialLength, nbFishPerSI + remainingIndividuals , Gender.FEMALE));
+				
+				for (int i=0; i < (nbSI-1); i++){
 					group.addAquaNism(new DiadromousFish(group.getPilot(), riverBasin, initialLength, nbFishPerSI, Gender.MALE));
 				}
+				group.addAquaNism(new DiadromousFish(group.getPilot(), riverBasin, initialLength, nbFishPerSI + remainingIndividuals, Gender.MALE));
 			}
 		}
 		
-		System.out.println("fem: "+ group. getFemaleSpawnerEffective()+ " \tmal"+group.getMaleSpawnerEffective());
+		// System.out.println("fem: "+ group. getFemaleSpawnerEffective()+ " \tmal"+group.getMaleSpawnerEffective());
 	}
 }
 
diff --git a/src/main/java/species/ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose.java b/src/main/java/species/ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose.java
index f592f5a21adb40ada2f04f19ee8821ea24da56e5..3756cc781f7fc41de5f1c5be37fd763cf27d923c 100644
--- a/src/main/java/species/ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose.java
+++ b/src/main/java/species/ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose.java
@@ -5,6 +5,7 @@ import java.io.BufferedWriter;
 import java.io.IOException;
 import java.io.ObjectInputStream.GetField;
 import java.util.ArrayList;
+import java.util.Arrays;
 import java.util.HashMap;
 import java.util.Hashtable;
 import java.util.List;
@@ -103,7 +104,13 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 
 		if (Time.getSeason(group.getPilot()) == reproductionSeason){
 			List<DiadromousFish> deadFish = new ArrayList<DiadromousFish>();
-
+			// a virer
+			List<String> basinList = new ArrayList<String>() ;
+			basinList.add("Garonne");
+			basinList.add("Meuse");
+			basinList. add("Rhine");
+			System.out.print(group.getPilot().getCurrentTime() + " - ");
+			
 			for(RiverBasin riverBasin : group.getEnvironment().getRiverBasins()){
 
 				// before the party !!!!
@@ -176,7 +183,7 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 					amountPerSuperIndividual = alpha / maxNumberOfSuperIndividualPerReproduction;
 
 					// Compute the Allee effect parameters  S95 and S50
-					
+
 					S95 = eta * riverBasin.getAccessibleSurface(); // corresponds to S* in the rougier publication
 					S50 = S95 / ratioS95_S50;
 
@@ -211,7 +218,7 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 									numberOfMaleSpawnerForFirstTime += fish.getAmount();
 									maleSpawnersForFirstTimeAgesSum += fish.getAge() * fish.getAmount();
 									maleSpawnersForFirstTimeLengthsSum += fish.getLength() * fish.getAmount();
-									
+
 								}
 							}
 
@@ -396,8 +403,8 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanLengths(Gender.FEMALE).push(femaleSpawnersForFirstTimeLengthsSum / numberOfFemaleSpawnerForFirstTime);
 						}
 						else {
-							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanAges(Gender.MALE).push(0.);
-							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanLengths(Gender.MALE).push(0.);
+							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanAges(Gender.FEMALE).push(0.);
+							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanLengths(Gender.FEMALE).push(0.);
 						}
 						if (numberOfMaleSpawnerForFirstTime>0) {
 							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanAges(Gender.MALE).push(maleSpawnersForFirstTimeAgesSum/numberOfMaleSpawnerForFirstTime);
@@ -408,13 +415,15 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 							riverBasin.getSpawnersForFirstTimeMeanLengths(Gender.MALE).push(0.);
 						}
 
+						// display info from a catchment list
+						if (basinList.contains(riverBasin.getName()) ) {
+							System.out.print(riverBasin.getName() + ": " + numberOfFemaleSpawners + " + "+ numberOfMaleSpawners +
+									" -> "+ numberOfRecruit + "\t")  ;
+						}
 
-						//System.out.println("nb spawners in basin " + riverBasin.getName() + " : " + numberOfGenitors);
-						//System.out.println("nb recruit in basin " + riverBasin.getName() + " : " + numberOfRecruit);
 
 						// Creation of new superFish
 						if (numberOfRecruit > 0){
-
 							long numberOfsuperIndividual, effectiveAmount, remainingFish;
 
 							// features of the super individuals
@@ -495,7 +504,7 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 					// -------------------------------------------------------
 					// display information
 					// -----------------------------------------------------
-				/*	if 	(displayFluxesOnConsole)
+					/*	if 	(displayFluxesOnConsole)
 
 						System.out.println(group.getPilot().getCurrentTime() + "; " + Time.getYear(group.getPilot()) + ";" + Time.getSeason(group.getPilot()) + ";IMPORT;"
 								+ riverBasin.getName() + ";" +  fluxBefore + ";" + riverBasin.getSpawnerNumberPerGroup(group)+  "; " + totalInputFluxes); */
@@ -528,7 +537,7 @@ public class ReproduceAndSurviveAfterReproductionWithDiagnose extends AquaNismsG
 				riverBasin.getSpawnerOrigins().push(spawnerOriginsDuringReproduction);
 				//System.out.println("  AFTER " +riverBasin.getSpawnerOrigins().keySet());
 			}
-
+ System.out.println();
 
 			// --------------------------------------------------------------------------------------------------
 			// update the observers