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## integration des fichiers
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pour decrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev:
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Pour décrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev:
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- frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel,
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- frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu: declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus, definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus.
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- frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus. Ce fichier importe l'ontologie précédente.
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| ... | ... | @@ -13,124 +13,58 @@ Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle v |
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- détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts. L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts (pas besoin de refaire ce test).
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- les dates de modifications qui se répètent dans un même concept ou qui sont identiques à la date de création du concept.
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### Publication du 14/02/2023
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### Publication du 28/02/2023
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###### Labels qui se terminent par un caractère incorrect
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- "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)"
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- "Légumineuses potagères (sèches)"
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###### Concepts ayant des dates associées à un tag de langue
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- Salsifis
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- Erables
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- Hysopes
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- Sarrasins
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- Quinoas
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- Petits_fruits
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- Pruniers
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- Scorsoneres
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*Aucun*
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###### Concepts ayant des labels identiques
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- "faux anis"@fr ; Aneths ; Cumins
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- "pépinière"@fr ; Arboriculture ; Horticulture_ornementale
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- "cenelle"@fr ; Aubepines ; Azeroliers
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- "figue"@fr ; Bananiers_musa ; Figuiers
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- "betterave non fourragère"@fr ; Betteraves_potageres ; Betteraves_sucrieres
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- "cougourde"@fr ; Calebasses ; Courges
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- "carde"@fr ; Cardons ; Poirees
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- "hemp"@en ; Chanvres ; Chanvres_fibres
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- "chicorée sauvage"@fr ; Chicorees ; Chicorees_ameres_potageres
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- "chicon"@fr ; Chicorees_de_Bruxelles ; Laitues_romaines
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- "chicorée endive"@fr ; Chicorees_frisees ; Chicorees_scaroles
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- "chou vert"@fr ; Choux_frisés ; Choux_verts_non_pommes
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- "jardin familial"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
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- "jardins familiaux"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
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- "jardins ouvriers"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
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- "vergers familiaux"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
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- "églantier"@fr ; Eglantiers ; Rosiers
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- "haricot blanc"@fr ; Flageolets ; Haricots_secs
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- "haricot coco"@fr ; Flageolets ; Haricots_secs
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- "haricot nain"@fr ; Haricots ; Haricots_verts
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- "haricot à rames"@fr ; Haricots ; Haricots_verts
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- "haricot grain"@fr ; Haricots_demi_sec ; Haricots_secs
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- "jardin"@fr ; Jardins ; Zones_non_agricoles
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- "lupin bleu"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_fourragers
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- "lupin bleu"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux
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- "lupin jaune"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux
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- "lupin blanc"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux_blancs
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- "lupin blanc de printemps"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux_blancs_printemps
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- "lupin bleu"@fr ; Lupins_fourragers ; Lupins_proteagineux
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- "petit trèfle jaune"@fr ; Lupulines ; Melilots_fourragers
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- "mélilot jaune"@fr ; Melilots_fourragers ; Melilots_jaunes_engrais_verts
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- "mélilot jaune"@fr ; Melilots_fourragers ; Melilots_officinales
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|
- "mélilot jaune"@fr ; Melilots_jaunes_engrais_verts ; Melilots_officinales
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|
- "mélilot officinal"@fr ; Melilots_jaunes_engrais_verts ; Melilots_officinales
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- "mûre"@fr ; Muriers ; Ronces
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- "brugnon"@fr ; Nectariniers ; Pechers
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- "pavot bleu"@fr ; Oeillettes ; Pavots_ornementaux
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- "pamplemousse"@fr ; Pamplemoussiers ; Pomelos
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- "parsley"@en ; Persils ; Persils_odorants
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- "persil cultivé"@fr ; Persils ; Persils_odorants
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- "radis blanc"@fr ; Radis_chinois ; Radis_potagers
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- "saulée"@fr ; Saules ; Saules_forestiers
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- "saule pleureur"@fr ; Saules ; Saules_ornementaux
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### Publication du 16/12/2022
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###### Remarques
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- dans frenchCropUsage_onto_latest, il n'y a pas de date de création ou de référence à la version de création.
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###### Labels qui se terminent par un caractère incorrect
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- "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)"
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|
- "Légumineuses potagères (sèches)"
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###### Concepts ayant des dates associées à un tag de langue
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- Hysopes
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- Scorsoneres
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- Sarrasins
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- Petits_fruits
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|
- Salsifis
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- Erables
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- Pruniers
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- Quinoas
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###### Autre date incorrecte
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Le `terms:modified` de `fcu:Moutardes_blanches_fourrageres` est écrit comme une URI : `<2021-05-20T00:00:00Z>`.
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###### Concepts ayant des labels identiques
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- Arboriculture & Horticulture_ornementale
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- Azeroliers & Aubepines
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- Betteraves_potageres & Betteraves_sucrieres
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- Calebasses & Courges
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- Cardons & Poirees
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- Chanvres_fibres & Chanvres
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- Chicorees & Chicorees_ameres_potageres
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- Chicorees_de_Bruxelles & Laitues_romaines
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- Chicorees_scaroles & Chicorees_frisees
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- Choux_frisés & Choux_verts_non_pommes
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- Cumins & Aneths
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- Figuiers & Bananiers_musa
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- Haricots & Haricots_verts
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- Haricots_secs & Flageolets
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- Haricots_secs & Haricots_demi_sec
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- Jardins & Cultures_jardins_familiaux
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- Jardins & Zones_non_agricoles
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- Lupins_engrais_verts & Lupins_fourragers
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- Lupins_engrais_verts & Lupins_proteagineux
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- Lupins_proteagineux_blancs & Lupins_engrais_verts
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- Lupins_proteagineux_blancs_printemps & Lupins_engrais_verts
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|
- Lupins_proteagineux & Lupins_fourragers
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- Melilots_fourragers & Lupulines
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- Melilots_jaunes_engrais_verts & Melilots_fourragers
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- Melilots_jaunes_engrais_verts & Melilots_officinales
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- Melilots_officinales & Melilots_fourragers
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- Nectariniers & Pechers
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- Pamplemoussiers & Pomelos
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- Pavots_ornementaux & Oeillettes
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- Persils & Persils_odorants
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- Radis_chinois & Radis_potagers
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- Ronces & Muriers
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- Rosiers & Eglantiers
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- Saules_forestiers & Saules
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- Saules_ornementaux & Saules
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| label | Concept 1 | Concept 2 |
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|---------------|---------------|------------|
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| faux anis | Aneths | Cumins |
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| pépinière | Arboriculture | Horticulture_ornementale |
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| cenelle | Aubepines | Azeroliers |
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| figue | Bananiers_musa | Figuiers |
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| betterave non fourragère | Betteraves_potageres | Betteraves_sucrieres |
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| cougourde | Calebasses | Courges |
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| carde | Cardons | Poirees |
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| hemp | Chanvres | Chanvres_fibres |
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| chicon | Chicorees_de_Bruxelles | Laitues_romaines |
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| chicorée endive | Chicorees_frisees | Chicorees_scaroles |
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| chou vert | Choux_frisés | Choux_verts_non_pommes |
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| jardin familial | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| jardins familiaux | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| jardins ouvriers | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| vergers familiaux | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| églantier | Eglantiers | Rosiers |
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| haricot blanc | Flageolets | Haricots_secs |
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| haricot coco | Flageolets | Haricots_secs |
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| haricot nain | Haricots | Haricots_verts |
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| haricot à rames | Haricots | Haricots_verts |
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| haricot grain | Haricots_demi_sec | Haricots_secs |
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| jardin | Jardins | Zones_non_agricoles |
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| lupin bleu | Lupins_engrais_verts | Lupins_fourragers |
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| lupin bleu | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux |
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| lupin jaune | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux |
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| lupin blanc | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux_blancs |
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| lupin blanc de printemps | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux_blancs_printemps |
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| lupin bleu | Lupins_fourragers | Lupins_proteagineux |
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|
| petit trèfle jaune | Lupulines | Melilots_fourragers |
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| mélilot jaune | Melilots_fourragers | Melilots_jaunes_engrais_verts |
|
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| mélilot jaune | Melilots_fourragers | Melilots_officinales |
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|
| mélilot jaune | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_officinales |
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| mélilot officinal | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_officinales |
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| mûre | Muriers | Ronces |
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| brugnon | Nectariniers | Pechers |
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| pavot bleu | Oeillettes | Pavots_ornementaux |
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| pamplemousse | Pamplemoussiers | Pomelos |
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| parsley | Persils | Persils_odorants |
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| persil cultivé | Persils | Persils_odorants |
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| radis blanc | Radis_chinois | Radis_potagers |
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# Marche à suivre pour la publication
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| ... | ... | @@ -154,13 +88,19 @@ git pull origin dev |
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### Fichier ttl
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1. Édition de `frenchCropUsage_{metadata,onto,thesaurus}_latest.owl` dans protege pour en faire des exports ttl.
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2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances redondants (ceux d'autres ontologies).
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Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage, qu'on versionne. On la garde pour le `owl:imports`.
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|
3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
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|
1. Édition de `frenchCropUsage_{metadata,onto,thesaurus}_latest.owl` dans
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|
|
|
protege pour en faire des exports ttl.
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|
2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
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redondants (ceux d'autres ontologies).
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|
Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage,
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|
qu'on versionne aussi. On la garde pour le `owl:imports`.
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|
3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe
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|
|
sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète**
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|
(*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
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|
4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
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|
Sauvegarder et fermer.
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|
5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
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|
5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en
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|
|
`.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
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|
```sh
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|
cp frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl toto.ttl
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|
|
cat toto.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl
|
| ... | ... | @@ -212,7 +152,8 @@ PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> |
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|
SELECT ?l ?c1 ?c2 WHERE {
|
|
|
|
?c1 a skos:Concept; skos:prefLabel|skos:altLabel ?l.
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|
?c2 a skos:Concept; skos:prefLabel|skos:altLabel ?l.
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|
|
|
FILTER (str(?c1) < str(?c2))} ORDER BY ?c1"""
|
|
|
|
FILTER (str(?c1) < str(?c2))} ORDER BY ?c1""" |
|
|
|
|
sed -e 's/^.*value"://;s/http.*cropusage.//;s/[{,"]//g;s/}/|/g'
|
|
|
|
```
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|
|
|
12. Dates de modif égales à la date de création
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|
|
```bash
|
| ... | ... | @@ -250,7 +191,7 @@ SELECT ?s ?o WHERE { ?s <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?o } |
|
|
|
```
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|
|
|
15. Report des métadonnées sur def/thesaurus_FrenchCropUsage :
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|
```sh
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|
export vers=3.2 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
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export vers=3.3 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
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|
|
|
s-update --service=http://localhost:3030/fcu/ """
|
|
|
|
INSERT {
|
|
|
|
<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/thesaurus_FrenchCropUsage> ?p ?o
|
| ... | ... | @@ -286,14 +227,14 @@ rm toto_forSkosPlay.ttl |
|
|
|
## Mise à jour du git
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|
```sh
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# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --merge
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# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --hard
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git checkout master
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export dt=$( date +'%Y%m%d' )
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export vers=3.2 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon).
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export vers=3.3 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon).
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# Si l'on s'apprête à publier une nouvelle version on crée une nouvelle branche :
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### ATTENETION : On crée la branche de la version précédente ! La version en cours est master.
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git switch -c v3.1
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|
### ATTENTION : On crée la branche de la version précédente ! La version en cours est master.
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git switch -c v3.2
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|
git checkout master
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|
for i in owl rdf ttl; do mv toto.$i frenchCropUsage_latest.$i ; done
|
| ... | ... | @@ -326,7 +267,7 @@ s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ default \ |
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|
|
### Marquage des concepts *deprecated*
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|
```bash
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export vers=3.2 # La nouvelle version
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export vers=3.3 # La nouvelle version
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export old_vers=3.1 # L'ancienne version
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|
# --- Y a-t-il des concepts supprimés ?
|
| ... | ... | |
