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En prévision de l'arrivée de la forge institutionnelle INRAE, nous vous invitons à créer vos nouveaux projets sur la forge MIA.

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Publication sur le web · Changes

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Mise en ligne du mar. 28 févr. 2023 15:55:08 CET authored Feb 28, 2023 by Stéphan Bernard's avatar Stéphan Bernard
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Publication-sur-le-web.md
View page @ 085533b6
## integration des fichiers ## integration des fichiers
pour decrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev: Pour décrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev:
- frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel, - frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel,
- frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu: declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus, definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus. - frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu: declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus, definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus.
- frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus. Ce fichier importe l'ontologie précédente. - frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus. Ce fichier importe l'ontologie précédente.
...@@ -13,124 +13,58 @@ Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle v ...@@ -13,124 +13,58 @@ Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle v
- détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts. L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts (pas besoin de refaire ce test). - détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts. L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts (pas besoin de refaire ce test).
- les dates de modifications qui se répètent dans un même concept ou qui sont identiques à la date de création du concept. - les dates de modifications qui se répètent dans un même concept ou qui sont identiques à la date de création du concept.
### Publication du 14/02/2023 ### Publication du 28/02/2023
###### Labels qui se terminent par un caractère incorrect ###### Labels qui se terminent par un caractère incorrect
- "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)" - "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)"
- "Légumineuses potagères (sèches)" - "Légumineuses potagères (sèches)"
###### Concepts ayant des dates associées à un tag de langue ###### Concepts ayant des dates associées à un tag de langue
- Salsifis *Aucun*
- Erables
- Hysopes
- Sarrasins
- Quinoas
- Petits_fruits
- Pruniers
- Scorsoneres
###### Concepts ayant des labels identiques ###### Concepts ayant des labels identiques
- "faux anis"@fr ; Aneths ; Cumins
- "pépinière"@fr ; Arboriculture ; Horticulture_ornementale
- "cenelle"@fr ; Aubepines ; Azeroliers
- "figue"@fr ; Bananiers_musa ; Figuiers
- "betterave non fourragère"@fr ; Betteraves_potageres ; Betteraves_sucrieres
- "cougourde"@fr ; Calebasses ; Courges
- "carde"@fr ; Cardons ; Poirees
- "hemp"@en ; Chanvres ; Chanvres_fibres
- "chicorée sauvage"@fr ; Chicorees ; Chicorees_ameres_potageres
- "chicon"@fr ; Chicorees_de_Bruxelles ; Laitues_romaines
- "chicorée endive"@fr ; Chicorees_frisees ; Chicorees_scaroles
- "chou vert"@fr ; Choux_frisés ; Choux_verts_non_pommes
- "jardin familial"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
- "jardins familiaux"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
- "jardins ouvriers"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
- "vergers familiaux"@fr ; Cultures_jardins_familiaux ; Jardins
- "églantier"@fr ; Eglantiers ; Rosiers
- "haricot blanc"@fr ; Flageolets ; Haricots_secs
- "haricot coco"@fr ; Flageolets ; Haricots_secs
- "haricot nain"@fr ; Haricots ; Haricots_verts
- "haricot à rames"@fr ; Haricots ; Haricots_verts
- "haricot grain"@fr ; Haricots_demi_sec ; Haricots_secs
- "jardin"@fr ; Jardins ; Zones_non_agricoles
- "lupin bleu"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_fourragers
- "lupin bleu"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux
- "lupin jaune"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux
- "lupin blanc"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux_blancs
- "lupin blanc de printemps"@fr ; Lupins_engrais_verts ; Lupins_proteagineux_blancs_printemps
- "lupin bleu"@fr ; Lupins_fourragers ; Lupins_proteagineux
- "petit trèfle jaune"@fr ; Lupulines ; Melilots_fourragers
- "mélilot jaune"@fr ; Melilots_fourragers ; Melilots_jaunes_engrais_verts
- "mélilot jaune"@fr ; Melilots_fourragers ; Melilots_officinales
- "mélilot jaune"@fr ; Melilots_jaunes_engrais_verts ; Melilots_officinales
- "mélilot officinal"@fr ; Melilots_jaunes_engrais_verts ; Melilots_officinales
- "mûre"@fr ; Muriers ; Ronces
- "brugnon"@fr ; Nectariniers ; Pechers
- "pavot bleu"@fr ; Oeillettes ; Pavots_ornementaux
- "pamplemousse"@fr ; Pamplemoussiers ; Pomelos
- "parsley"@en ; Persils ; Persils_odorants
- "persil cultivé"@fr ; Persils ; Persils_odorants
- "radis blanc"@fr ; Radis_chinois ; Radis_potagers
- "saulée"@fr ; Saules ; Saules_forestiers
- "saule pleureur"@fr ; Saules ; Saules_ornementaux
### Publication du 16/12/2022
###### Remarques
- dans frenchCropUsage_onto_latest, il n'y a pas de date de création ou de référence à la version de création.
###### Labels qui se terminent par un caractère incorrect
- "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)"
- "Légumineuses potagères (sèches)"
###### Concepts ayant des dates associées à un tag de langue
- Hysopes
- Scorsoneres
- Sarrasins
- Petits_fruits
- Salsifis
- Erables
- Pruniers
- Quinoas
###### Autre date incorrecte
Le `terms:modified` de `fcu:Moutardes_blanches_fourrageres` est écrit comme une URI : `<2021-05-20T00:00:00Z>`.
###### Concepts ayant des labels identiques
- Arboriculture & Horticulture_ornementale
- Azeroliers & Aubepines
- Betteraves_potageres & Betteraves_sucrieres
- Calebasses & Courges
- Cardons & Poirees
- Chanvres_fibres & Chanvres
- Chicorees & Chicorees_ameres_potageres
- Chicorees_de_Bruxelles & Laitues_romaines
- Chicorees_scaroles & Chicorees_frisees
- Choux_frisés & Choux_verts_non_pommes
- Cumins & Aneths
- Figuiers & Bananiers_musa
- Haricots & Haricots_verts
- Haricots_secs & Flageolets
- Haricots_secs & Haricots_demi_sec
- Jardins & Cultures_jardins_familiaux
- Jardins & Zones_non_agricoles
- Lupins_engrais_verts & Lupins_fourragers
- Lupins_engrais_verts & Lupins_proteagineux
- Lupins_proteagineux_blancs & Lupins_engrais_verts
- Lupins_proteagineux_blancs_printemps & Lupins_engrais_verts
- Lupins_proteagineux & Lupins_fourragers
- Melilots_fourragers & Lupulines
- Melilots_jaunes_engrais_verts & Melilots_fourragers
- Melilots_jaunes_engrais_verts & Melilots_officinales
- Melilots_officinales & Melilots_fourragers
- Nectariniers & Pechers
- Pamplemoussiers & Pomelos
- Pavots_ornementaux & Oeillettes
- Persils & Persils_odorants
- Radis_chinois & Radis_potagers
- Ronces & Muriers
- Rosiers & Eglantiers
- Saules_forestiers & Saules
- Saules_ornementaux & Saules
| label | Concept 1 | Concept 2 |
|---------------|---------------|------------|
| faux anis | Aneths | Cumins |
| pépinière | Arboriculture | Horticulture_ornementale |
| cenelle | Aubepines | Azeroliers |
| figue | Bananiers_musa | Figuiers |
| betterave non fourragère | Betteraves_potageres | Betteraves_sucrieres |
| cougourde | Calebasses | Courges |
| carde | Cardons | Poirees |
| hemp | Chanvres | Chanvres_fibres |
| chicon | Chicorees_de_Bruxelles | Laitues_romaines |
| chicorée endive | Chicorees_frisees | Chicorees_scaroles |
| chou vert | Choux_frisés | Choux_verts_non_pommes |
| jardin familial | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
| jardins familiaux | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
| jardins ouvriers | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
| vergers familiaux | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
| églantier | Eglantiers | Rosiers |
| haricot blanc | Flageolets | Haricots_secs |
| haricot coco | Flageolets | Haricots_secs |
| haricot nain | Haricots | Haricots_verts |
| haricot à rames | Haricots | Haricots_verts |
| haricot grain | Haricots_demi_sec | Haricots_secs |
| jardin | Jardins | Zones_non_agricoles |
| lupin bleu | Lupins_engrais_verts | Lupins_fourragers |
| lupin bleu | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux |
| lupin jaune | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux |
| lupin blanc | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux_blancs |
| lupin blanc de printemps | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux_blancs_printemps |
| lupin bleu | Lupins_fourragers | Lupins_proteagineux |
| petit trèfle jaune | Lupulines | Melilots_fourragers |
| mélilot jaune | Melilots_fourragers | Melilots_jaunes_engrais_verts |
| mélilot jaune | Melilots_fourragers | Melilots_officinales |
| mélilot jaune | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_officinales |
| mélilot officinal | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_officinales |
| mûre | Muriers | Ronces |
| brugnon | Nectariniers | Pechers |
| pavot bleu | Oeillettes | Pavots_ornementaux |
| pamplemousse | Pamplemoussiers | Pomelos |
| parsley | Persils | Persils_odorants |
| persil cultivé | Persils | Persils_odorants |
| radis blanc | Radis_chinois | Radis_potagers |
# Marche à suivre pour la publication # Marche à suivre pour la publication
...@@ -154,13 +88,19 @@ git pull origin dev ...@@ -154,13 +88,19 @@ git pull origin dev
### Fichier ttl ### Fichier ttl
1. Édition de `frenchCropUsage_{metadata,onto,thesaurus}_latest.owl` dans protege pour en faire des exports ttl. 1. Édition de `frenchCropUsage_{metadata,onto,thesaurus}_latest.owl` dans
2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances redondants (ceux d'autres ontologies). protege pour en faire des exports ttl.
Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage, qu'on versionne. On la garde pour le `owl:imports`. 2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*) redondants (ceux d'autres ontologies).
Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage,
qu'on versionne aussi. On la garde pour le `owl:imports`.
3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe
sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète**
(*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple). 4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
Sauvegarder et fermer. Sauvegarder et fermer.
5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste : 5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en
`.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
```sh ```sh
cp frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl toto.ttl cp frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl toto.ttl
cat toto.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl cat toto.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl
...@@ -212,7 +152,8 @@ PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> ...@@ -212,7 +152,8 @@ PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
SELECT ?l ?c1 ?c2 WHERE { SELECT ?l ?c1 ?c2 WHERE {
?c1 a skos:Concept; skos:prefLabel|skos:altLabel ?l. ?c1 a skos:Concept; skos:prefLabel|skos:altLabel ?l.
?c2 a skos:Concept; skos:prefLabel|skos:altLabel ?l. ?c2 a skos:Concept; skos:prefLabel|skos:altLabel ?l.
FILTER (str(?c1) < str(?c2))} ORDER BY ?c1""" FILTER (str(?c1) < str(?c2))} ORDER BY ?c1""" |
sed -e 's/^.*value"://;s/http.*cropusage.//;s/[{,"]//g;s/}/|/g'
``` ```
12. Dates de modif égales à la date de création 12. Dates de modif égales à la date de création
```bash ```bash
...@@ -250,7 +191,7 @@ SELECT ?s ?o WHERE { ?s <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?o } ...@@ -250,7 +191,7 @@ SELECT ?s ?o WHERE { ?s <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?o }
``` ```
15. Report des métadonnées sur def/thesaurus_FrenchCropUsage : 15. Report des métadonnées sur def/thesaurus_FrenchCropUsage :
```sh ```sh
export vers=3.2 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée. export vers=3.3 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
s-update --service=http://localhost:3030/fcu/ """ s-update --service=http://localhost:3030/fcu/ """
INSERT { INSERT {
<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/thesaurus_FrenchCropUsage> ?p ?o <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/thesaurus_FrenchCropUsage> ?p ?o
...@@ -286,14 +227,14 @@ rm toto_forSkosPlay.ttl ...@@ -286,14 +227,14 @@ rm toto_forSkosPlay.ttl
## Mise à jour du git ## Mise à jour du git
```sh ```sh
# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --merge # S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --hard
git checkout master git checkout master
export dt=$( date +'%Y%m%d' ) export dt=$( date +'%Y%m%d' )
export vers=3.2 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon). export vers=3.3 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon).
# Si l'on s'apprête à publier une nouvelle version on crée une nouvelle branche : # Si l'on s'apprête à publier une nouvelle version on crée une nouvelle branche :
### ATTENETION : On crée la branche de la version précédente ! La version en cours est master. ### ATTENTION : On crée la branche de la version précédente ! La version en cours est master.
git switch -c v3.1 git switch -c v3.2
git checkout master git checkout master
for i in owl rdf ttl; do mv toto.$i frenchCropUsage_latest.$i ; done for i in owl rdf ttl; do mv toto.$i frenchCropUsage_latest.$i ; done
...@@ -326,7 +267,7 @@ s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ default \ ...@@ -326,7 +267,7 @@ s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ default \
### Marquage des concepts *deprecated* ### Marquage des concepts *deprecated*
```bash ```bash
export vers=3.2 # La nouvelle version export vers=3.3 # La nouvelle version
export old_vers=3.1 # L'ancienne version export old_vers=3.1 # L'ancienne version
# --- Y a-t-il des concepts supprimés ? # --- Y a-t-il des concepts supprimés ?
......
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