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Pour publier une nouvelle version sur le web de FCU il faut:
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- récupérer le fichier frenchCropUsage_latest.owl dans la branche dev,
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- supprimer les skos:EditorialNote qui contiennent les définitions des sources comme le Larousse agricole et dont on n'a pas les droits de duplications.
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Voici la marche à suivre :
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## Erreurs détectées
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### Publication du 9/12/2022
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##### Labels qui se terminent par un caractère non alphabétique
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- "Cambarre de Java "
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- "plante sept chemises "
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- "chicorée sauvage "
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- "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)"
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- "Légumineuses potagères (sèches)"
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##### Concepts liés à une date qui a un attribut de langue :
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- Proteagineux
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- Choux_verts_non_pommes
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- Cedres_ornementaux
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- Choux_pommes
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- Hysopes
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- Erables
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- Choux_potagers
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- Chenes_forestiers
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- Erables_forestiers
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- Epiceas
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- Arboriculture
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- Erables_sycomores
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- Anemones
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- Erables_ornementaux
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- Oliviers_fruitiers
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- Cotonniers_fibres
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- Carottes_potageres
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- Arbrisseaux_ornementaux
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##### Concepts manquants
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- Arbrisseaux_ornementaux n'est pas typé skos:Concept.
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# Marche à suivre pour la publication
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## Récupération
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```
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cd '/le/répertoire/git/de/frenchcropusage'
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| ... | ... | @@ -17,17 +44,18 @@ git pull origin dev |
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### Fichier ttl
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1. Édition de frenchCropUsage_latest.owl dans protege pour en faire un export ttl.
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1. Édition de l'export *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
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redondants (ceux d'autres ontologies),
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1. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
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Vérifier que le owl:versionInfo est bien un xsd:string.
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Vérifier aussi la valeur de owl:priorVersion.
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Sauvegarder et fermer.
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1. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
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1. Édition de `frenchCropUsage_{onto,thesaurus}_latest.owl` dans protege pour en faire des exports ttl.
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2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances redondants (ceux d'autres ontologies),
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3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
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4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
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~~Vérifier que le owl:versionInfo est bien un xsd:string.~~
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~~Vérifier aussi la valeur de owl:priorVersion.~~
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Sauvegarder et fermer.
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5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
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```sh
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cp frenchCropUsage_latest.ttl frenchCropUsage_latest.bkp.ttl
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cat frenchCropUsage_latest.bkp.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_latest.ttl
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cp frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl toto.ttl
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cat toto.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl
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rm toto.ttl
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```
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6. Démarrage d'un serveur fuseki local dans un terminal à part
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```sh
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| ... | ... | @@ -35,17 +63,34 @@ cat frenchCropUsage_latest.bkp.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ont |
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```
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7. Import du thesaurus :
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```sh
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s-put http://localhost:3030/fcu default frenchCropUsage_latest.ttl
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s-put http://localhost:3030/fcu default \
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frenchCropUsage_onto_latest.ttl
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s-post http://localhost:3030/fcu default \
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frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl
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```
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8. Recherche de labels qui ne terminent pas par un caractère alphanumérique
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8. Recherche de labels qui ne terminent pas par un caractère alphanumérique, **et on écrit les erreurs dans le wiki, sur la page de publication**.
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```sh
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s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
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PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
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SELECT CONCAT(?l, '#') WHERE {{ [] skos:prefLabel ?l } UNION { [] skos:altLabel ?l }}
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""" | sed -e '/[^[:alpha:]]#/!d'
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#### ...faire remonter les erreurs à Catherine et corriger.
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""" | sed -e '/[^[:alpha:]]#/!d;s/^.*"value": \(.*\)#.*$/- \1"/'
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```
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9. Changer les rdfs:seeAlso vers larousse agricole en rdfs:comment :
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9. On cherche les dates qui n'ont pas de "xsd:date" **et on écrit les erreurs dans le wiki, dans la page de publication**.
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```bash
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s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
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prefix terms: <http://purl.org/dc/terms/>
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SELECT ?c lang(?d) WHERE {?c terms:issued|terms:modified ?d
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FILTER (lang(?d) != \"\")}
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""" | grep "\"c\"" | sed -e 's/^.*\/\([^/]*\)" }.*$/- \1/'
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```
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10. On cherche des concepts liés par un skos:broader ou un skos:narrower qui ne sont pas définis, et on écrit les erreurs dans le wiki.
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```bash
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s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
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PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
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SELECT ?c WHERE {[] skos:broader|skos:narrower ?c
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FILTER NOT EXISTS { ?c a skos:Concept }}"""
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```
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11. Changer les rdfs:seeAlso vers larousse agricole en rdfs:comment :
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```sh
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s-update --service=http://localhost:3030/fcu """
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PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
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| ... | ... | @@ -58,7 +103,7 @@ s-query --service=http://localhost:3030/fcu """ |
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|
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
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SELECT ?sa WHERE { [] rdfs:seeAlso ?sa FILTER contains(?sa, 'larousse.fr') }"""
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```
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10. **IMPORTANT** Suppression des skos:editorialNote
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|
12. **IMPORTANT** Suppression des skos:editorialNote
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```sh
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s-update --service=http://localhost:3030/fcu/ """
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delete {
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| ... | ... | @@ -72,12 +117,12 @@ s-query --service=http://localhost:3030/fcu """ |
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SELECT ?s ?o WHERE { ?s <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?o }"""
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#### ...ne devrait renvoyer aucun résultat.
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```
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12. Récupération du contenu de l'instance locale et ttl et conversion en rdf :
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|
13. Récupération du contenu de l'instance locale et ttl et conversion en rdf :
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```sh
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s-get http://localhost:3030/fcu/ default > toto.ttl
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rapper -o rdfxml -i turtle toto.ttl > toto.rdf
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```
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13. Ouvrir toto.ttl avec Protege pour faire un export owl vers toto.owl
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14. Ouvrir toto.ttl avec Protege pour faire un export owl vers toto.owl
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## Mise à jour du git
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| ... | ... | @@ -85,10 +130,12 @@ rapper -o rdfxml -i turtle toto.ttl > toto.rdf |
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# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --merge
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git checkout master
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export dt=$( date +'%Y%m%d' )
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export vers=3.0 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
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export vers=3.2 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
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# Si l'on s'apprête à publier une nouvelle version on crée une nouvelle branche :
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git switch -c v$vers
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### ATTENETION : On crée la branche de la version précédente ! La version en cours est master.
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git switch -c v3.1
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git checkout master
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for i in owl rdf ttl; do mv toto.$i frenchCropUsage_latest.$i ; done
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for i in owl rdf ttl; do git add frenchCropUsage_latest.$i ; done
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| ... | ... | @@ -108,14 +155,11 @@ Publication du git : |
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```sh
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git commit -m "Version $vers mise en ligne le $( date )"
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#git push
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git push origin v$vers
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git push # origin v$vers
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```
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## Mise en ligne dans le triplestore
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Avant de mettre en ligne, il faut **dupliquer** l'owl:Ontology en URI de version ; il s'agit de copier <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage> dans <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0> par exemple (pour la version 3.0).
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**Attention:** ceci ne doit pas être sur la version en ligne dans le git.
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```bash
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cp frenchCropUsage_latest.ttl toto.ttl
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| ... | ... | @@ -125,7 +169,7 @@ emacs toto.ttl |
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# Attention, il n'est plus au début du fichier :-(
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# Si ça n'est pas déjà fait, ne pas oublier :
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export vers=3.1
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export vers=3.2
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s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ \
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http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/$vers toto.ttl
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| ... | ... | @@ -146,6 +190,12 @@ sudo micro config.ttl |
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## Changer la valeur de conf:indexResource
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sudo systemctl restart tomcat9.service
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sudo micro /etc/apache2/sites-available/proxy-jena.conf
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# Adampter la réécriture de la condition /frenchcropusage/def :
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# RewriteCond "%{REQUEST_URI}" "/frenchcropusage/def/?$"
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# RewriteRule "/frenchcropusage/def/?$" "http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/1.0" [P,L]
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sudo systemctl restart apache2.service
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```
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## Serveur
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| ... | ... | |
