Publication-sur-le-web.md

-Pour publier une nouvelle version sur le web de FCU il faut:
-
-- récupérer le fichier frenchCropUsage_latest.owl dans la branche dev,
-- supprimer les skos:EditorialNote qui contiennent les définitions des sources comme le Larousse agricole et dont on n'a pas les droits de duplications.
-
-Voici la marche à suivre :
-
+## Erreurs détectées
+### Publication du 9/12/2022
+##### Labels qui se terminent par un caractère non alphabétique
+- "Cambarre de Java "
+- "plante sept chemises "
+- "chicorée sauvage "
+- "reine des fruits (en hommage à la reine Victoria)"
+- "Légumineuses potagères (sèches)"
+
+##### Concepts liés à une date qui a un attribut de langue :
+- Proteagineux
+- Choux_verts_non_pommes
+- Cedres_ornementaux
+- Choux_pommes
+- Hysopes
+- Erables
+- Choux_potagers
+- Chenes_forestiers
+- Erables_forestiers
+- Epiceas
+- Arboriculture
+- Erables_sycomores
+- Anemones
+- Erables_ornementaux
+- Oliviers_fruitiers
+- Cotonniers_fibres
+- Carottes_potageres
+- Arbrisseaux_ornementaux
+
+##### Concepts manquants
+- Arbrisseaux_ornementaux n'est pas typé skos:Concept.
+
+
+# Marche à suivre pour la publication
 ## Récupération
 ```
 cd '/le/répertoire/git/de/frenchcropusage' 
@@ -17,17 +44,18 @@ git pull origin dev
 
 ### Fichier ttl
 
-1. Édition de frenchCropUsage_latest.owl dans protege pour en faire un export ttl. 
-1. Édition de l'export *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
-   redondants (ceux d'autres ontologies),
-1. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
-Vérifier que le owl:versionInfo est bien un xsd:string.  
-Vérifier aussi la valeur de owl:priorVersion.  
-Sauvegarder et fermer.
-1. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
+1. Édition de `frenchCropUsage_{onto,thesaurus}_latest.owl` dans protege pour en faire des exports ttl. 
+2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances redondants (ceux d'autres ontologies),
+3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
+4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
+~~Vérifier que le owl:versionInfo est bien un xsd:string.~~  
+~~Vérifier aussi la valeur de owl:priorVersion.~~  
+    Sauvegarder et fermer.
+5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
 ```sh
-cp frenchCropUsage_latest.ttl frenchCropUsage_latest.bkp.ttl
-cat frenchCropUsage_latest.bkp.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_latest.ttl
+cp frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl toto.ttl
+cat toto.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl 
+rm toto.ttl
 ```
 6. Démarrage d'un serveur fuseki local dans un terminal à part
 ```sh
@@ -35,17 +63,34 @@ cat frenchCropUsage_latest.bkp.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ont
 ```
 7. Import du thesaurus :
 ```sh
-s-put http://localhost:3030/fcu default frenchCropUsage_latest.ttl
+s-put http://localhost:3030/fcu default \
+  frenchCropUsage_onto_latest.ttl
+s-post http://localhost:3030/fcu default \
+  frenchCropUsage_thesaurus_latest.ttl
 ```
-8. Recherche de labels qui ne terminent pas par un caractère alphanumérique
+8. Recherche de labels qui ne terminent pas par un caractère alphanumérique, **et on écrit les erreurs dans le wiki, sur la page de publication**.
 ```sh
 s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
 PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
 SELECT CONCAT(?l, '#') WHERE {{ [] skos:prefLabel ?l } UNION { [] skos:altLabel ?l }}
-""" | sed -e '/[^[:alpha:]]#/!d'
-#### ...faire remonter les erreurs à Catherine et corriger.
+""" | sed -e '/[^[:alpha:]]#/!d;s/^.*"value": \(.*\)#.*$/- \1"/'
 ```
-9. Changer les rdfs:seeAlso vers larousse agricole en rdfs:comment :
+9. On cherche les dates qui n'ont pas de "xsd:date" **et on écrit les erreurs dans le wiki, dans la page de publication**.
+```bash
+s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
+prefix terms: <http://purl.org/dc/terms/>
+SELECT ?c lang(?d) WHERE {?c terms:issued|terms:modified ?d 
+FILTER (lang(?d) != \"\")}
+""" | grep "\"c\"" | sed -e 's/^.*\/\([^/]*\)" }.*$/- \1/'
+```
+10. On cherche des concepts liés par un skos:broader ou un skos:narrower qui ne sont pas définis, et on écrit les erreurs dans le wiki.
+```bash
+s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
+PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
+SELECT ?c WHERE {[] skos:broader|skos:narrower ?c
+FILTER NOT EXISTS { ?c a skos:Concept }}"""
+```
+11. Changer les rdfs:seeAlso vers larousse agricole en rdfs:comment :
 ```sh
 s-update --service=http://localhost:3030/fcu """
 PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
@@ -58,7 +103,7 @@ s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
 PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
 SELECT ?sa WHERE { [] rdfs:seeAlso ?sa FILTER contains(?sa, 'larousse.fr') }"""
 ```
-10. **IMPORTANT** Suppression des skos:editorialNote
+12. **IMPORTANT** Suppression des skos:editorialNote
 ```sh
 s-update --service=http://localhost:3030/fcu/ """
 delete {
@@ -72,12 +117,12 @@ s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
 SELECT ?s ?o WHERE { ?s <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?o }"""
 #### ...ne devrait renvoyer aucun résultat.
 ```
-12. Récupération du contenu de l'instance locale et ttl et conversion en rdf :
+13. Récupération du contenu de l'instance locale et ttl et conversion en rdf :
 ```sh
 s-get http://localhost:3030/fcu/ default > toto.ttl
 rapper -o rdfxml -i turtle toto.ttl > toto.rdf
 ```
-13. Ouvrir toto.ttl avec Protege pour faire un export owl vers toto.owl
+14. Ouvrir toto.ttl avec Protege pour faire un export owl vers toto.owl
 
 ## Mise à jour du git
 
@@ -85,10 +130,12 @@ rapper -o rdfxml -i turtle toto.ttl > toto.rdf
 # S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --merge
 git checkout master
 export dt=$( date +'%Y%m%d' )
-export vers=3.0 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
+export vers=3.2 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
 
 # Si l'on s'apprête à publier une nouvelle version on crée une nouvelle branche :
-git switch -c v$vers
+### ATTENETION : On crée la branche de la version précédente ! La version en cours est master.
+git switch -c v3.1
+git checkout master
 
 for i in owl rdf ttl; do mv toto.$i frenchCropUsage_latest.$i ; done
 for i in owl rdf ttl; do git add frenchCropUsage_latest.$i ; done
@@ -108,14 +155,11 @@ Publication du git :
 ```sh
 git commit -m "Version $vers mise en ligne le $( date )"
 #git push
-git push origin v$vers
+git push # origin v$vers
 ```
 
 ## Mise en ligne dans le triplestore
 
-Avant de mettre en ligne, il faut **dupliquer** l'owl:Ontology en URI de version ; il s'agit de copier <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage> dans <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0> par exemple (pour la version 3.0).  
-**Attention:** ceci ne doit pas être sur la version en ligne dans le git.
-
 ```bash
 cp frenchCropUsage_latest.ttl toto.ttl
 
@@ -125,7 +169,7 @@ emacs toto.ttl
 # Attention, il n'est plus au début du fichier :-(
 
 # Si ça n'est pas déjà fait, ne pas oublier :
-export vers=3.1
+export vers=3.2
 
 s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ \
   http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/$vers toto.ttl
@@ -146,6 +190,12 @@ sudo micro config.ttl
 ## Changer la valeur de conf:indexResource
 
 sudo systemctl restart tomcat9.service
+
+sudo micro /etc/apache2/sites-available/proxy-jena.conf
+# Adampter la réécriture de la condition /frenchcropusage/def :
+#  RewriteCond "%{REQUEST_URI}" "/frenchcropusage/def/?$"
+#  RewriteRule "/frenchcropusage/def/?$" "http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/1.0" [P,L]
+sudo systemctl restart apache2.service
 ```
 
 ## Serveur