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Pour publier une nouvelle version sur le web de FCU il faut:
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- récupérer le fichier frenchCropUsage_latest.owl dans la branche dev,
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- supprimer les skos:EditorialNote qui contiennent les définitions des sources comme le Larousse agricole et dont on n'a pas les droits de duplications.
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Voici la marche à suivre :
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## Récupération
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```
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cd '/le/répertoire/git/de/frenchcropusage'
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git pull
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git checkout dev
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git pull origin dev
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```
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## Préparation
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### Fichier ttl
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1. Édition de frenchCropUsage_latest.owl dans protege pour en faire un export ttl.
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1. Édition de l'export *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
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redondants (ceux d'autres ontologies),
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1. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
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Vérifier que le owl:versionInfo est bien un xsd:string.
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Vérifier aussi la valeur de owl:priorVersion.
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Sauvegarder et fermer.
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1. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
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```sh
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cp frenchCropUsage_latest.ttl frenchCropUsage_latest.bkp.ttl
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cat frenchCropUsage_latest.bkp.ttl | sed -e 's/"\(.*\)"^^xsd:anyURI/<\1>/g;s/ontology\.irstea\.fr/ontology.inrae.fr/g;s/"http\([^"]*\)".* /<http\1> /g' > frenchCropUsage_latest.ttl
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```
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6. Démarrage d'un serveur fuseki local dans un terminal à part
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```sh
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~/opt/share/jena-fuseki/fuseki-server --mem /fcu
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```
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7. Import du thesaurus :
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```sh
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s-put http://localhost:3030/fcu default frenchCropUsage_latest.ttl
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```
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8. Recherche de labels qui ne terminent pas par un caractère alphanumérique
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```sh
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s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
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PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
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SELECT CONCAT(?l, '#') WHERE {{ [] skos:prefLabel ?l } UNION { [] skos:altLabel ?l }}
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""" | sed -e '/[^[:alpha:]]#/!d'
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#### ...faire remonter les erreurs à Catherine et corriger.
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```
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9. Changer les rdfs:seeAlso vers larousse agricole en rdfs:comment :
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```sh
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s-update --service=http://localhost:3030/fcu """
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PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
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DELETE { ?b rdfs:seeAlso ?sa }
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INSERT { ?b rdfs:comment \"Extrait du larousse agricole qui n'est plus publié depuis 2021.\"@fr }
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WHERE { ?b rdfs:seeAlso ?sa FILTER contains(?sa, 'www.larousse.fr') }"""
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#### ...on peut vérifier qu'il n'y en a plus :
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s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
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PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
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SELECT ?sa WHERE { [] rdfs:seeAlso ?sa FILTER contains(?sa, 'larousse.fr') }"""
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```
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10. **IMPORTANT** Suppression des skos:editorialNote
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```sh
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s-update --service=http://localhost:3030/fcu/ """
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delete {
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?x <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?y
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} where {
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?x <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?y
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}"""
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### Vérification :
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s-query --service=http://localhost:3030/fcu """
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SELECT ?s ?o WHERE { ?s <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#editorialNote> ?o }"""
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#### ...ne devrait renvoyer aucun résultat.
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```
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12. Récupération du contenu de l'instance locale et ttl et conversion en rdf :
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```sh
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s-get http://localhost:3030/fcu/ default > toto.ttl
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rapper -o rdfxml -i turtle toto.ttl > toto.rdf
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```
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13. Ouvrir toto.ttl avec Protege pour faire un export owl vers toto.owl
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## Mise à jour du git
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```sh
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# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --merge
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git checkout master
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export dt=$( date +'%Y%m%d' )
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export vers=3.0 # ← Attention, changer avec la version de fcu que l'on crée.
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# Si l'on s'apprête à publier une nouvelle version on crée une nouvelle branche :
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git switch -c v$vers
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for i in owl rdf ttl; do mv toto.$i frenchCropUsage_latest.$i ; done
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for i in owl rdf ttl; do git add frenchCropUsage_latest.$i ; done
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```
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Création d'une version qui s'affiche correctement dans SkosPlay :
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```sh
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cp frenchCropUsage_latest.ttl frenchCropUsage_latest_forSkosPlay.ttl
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emacs frenchCropUsage_latest_forSkosPlay.ttl
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# On recherche les deux instances de skos:Collection et on les supprime
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rapper -o rdfxml -i turtle frenchCropUsage_latest_forSkosPlay.ttl > frenchCropUsage_latest_forSkosPlay.rdf
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git add frenchCropUsage_latest_forSkosPlay.rdf
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```
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Publication du git :
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```sh
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git commit -m "Version $vers mise en ligne le $( date )"
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#git push
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git push origin v$vers
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```
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## Mise en ligne dans le triplestore
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Avant de mettre en ligne, il faut **dupliquer** l'owl:Ontology en URI de version ; il s'agit de copier <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage> dans <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0> par exemple (pour la version 3.0).
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**Attention:** ceci ne doit pas être sur la version en ligne dans le git.
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```bash
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cp frenchCropUsage_latest.ttl toto.ttl
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emacs toto.ttl
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# On renomme le owl:Ontology en un owl:Ontology versionné
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# (p.ex : <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.1>).
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# Attention, il n'est plus au début du fichier :-(
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# Si ça n'est pas déjà fait, ne pas oublier :
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export vers=3.1
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s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ \
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http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/$vers toto.ttl
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s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ default toto.ttl
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rm toto.ttl # Il n'est pas suivi par le git.
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```
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### S'il y a eu un changement de version
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Il faut mettre à jour la version déréférencée par [http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage](http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage) dans pubby.
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```sh
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ssh ontology
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cd /var/lib/tomcat9/webapps/frenchcropusage/WEB-INF/
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sudo micro config.ttl
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## Changer la valeur de conf:indexResource
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sudo systemctl restart tomcat9.service
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```
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## Serveur
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Édition du fichier de config de fuseki.
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Voilà la config actuelle :
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```ttl
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<#serviceFrenchCropusage> rdf:type fuseki:Service;
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fuseki:name "frenchcropusage" ;
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fuseki:serviceQuery "query" ;
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fuseki:serviceQuery "sparql" ;
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fuseki:serviceUpdate "update" ;
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fuseki:serviceUpload "upload" ;
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fuseki:serviceReadWriteGraphStore "data" ;
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fuseki:serviceReadGraphStore "get" ;
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fuseki:dataset [ rdf:type tdb2:DatasetTDB2;
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tdb2:location "/data2/datasets/frenchcropusage-TDB2"; ]
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``` |
