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## integration des fichiers ## integration des fichiers
Pour décrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev: Pour décrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev:
- frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel,
- frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu: declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus, definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus.
- frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus. Ce fichier importe l'ontologie précédente.
Ces 3 fichiers doivent être utilisés pour ne créer qu'un seul fichier contenant l'ensemble des informations du thesaurus metadonnées, définition (ontologie) et contenu. Ce fichier final est celui qu'Agroportal telechargera dans le repertoire main. - frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees
Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle version du thesaurus. La liste des sources normalement a été mises à jour. Ce fichier readme devra etre copier dans le repertoire de la version. qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel,
- frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu:
declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus,
definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus.
- frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances
de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus.
Ce fichier importe l'ontologie précédente.
Ces 3 fichiers doivent être utilisés pour ne créer qu'un seul fichier contenant
l'ensemble des informations du thesaurus metadonnées, définition (ontologie)
et contenu. Ce fichier final est celui qu'Agroportal telechargera dans
le repertoire main.
Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle
version du thesaurus. La liste des sources normalement a été mises à jour.
Ce fichier readme devra etre copier dans le repertoire de la version.
## tests à effectuer sur le fichier final ## tests à effectuer sur le fichier final
- détecter les labels qui se terminent par un caractères incorrecte
- détecter les labels qui se terminent par un caractère incorrect
- détecter les dates associées à un tag de langue - détecter les dates associées à un tag de langue
- détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts. L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts (pas besoin de refaire ce test). - détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts.
- les dates de modifications qui se répètent dans un même concept ou qui sont identiques à la date de création du concept. L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts
(pas besoin de refaire ce test).
- les dates de modifications qui se répètent dans un même concept
ou qui sont identiques à la date de création du concept.
### Publication du 12/06/2023 ### Publication du 16/01/2024
##### Labels qui se terminent par un caractère incorrect ##### Labels qui se terminent par un caractère incorrect
*Aucun* *Aucun*
...@@ -21,69 +36,72 @@ Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle v ...@@ -21,69 +36,72 @@ Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle v
*Aucun* *Aucun*
##### Concepts liés qui ne sont pas définis ##### Concepts liés qui ne sont pas définis
*Aucun*
`fcu:Pommiers_sauvages` est le skos:narrower de `fcu:Arbres_pepins`
et n'est pas défini.
##### prefLabels identiques ##### prefLabels identiques
| label | lang | crop1 | crop2 | | label |lang |crop1 |crop2 |
|-------|------|-------|-------| |---|---|---|---|
| hemp |en | Chanvres | Chanvres_fibres | | hemp |en | res/Chanvres | res/Chanvres_fibres |
| parsley |en | Persils | Persils_odorants | | parsley |en | res/Persils | res/Persils_odorants |
| wild apple |en | res/Pommiers_des_bois | res/Pommiers_sauvages |
##### prefLabels qui sont altLabel d'un autre concept ##### prefLabels qui sont altLabel d'un autre concept
| label | lang | crop1 | crop2 | | label |lang |crop1 |crop2 |
|-------|------|-------|-------| |---|---|---|---|
| jardins familiaux |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins | | jardins familiaux |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
| églantier |fr | Eglantiers | Rosiers | | églantier |fr | res/Eglantiers | res/Rosiers |
| jardin |fr | Jardins | Zones_non_agricoles | | jardin |fr | res/Jardins | res/Zones_non_agricoles |
| lupin blanc |fr | Lupins_proteagineux_blancs | Lupins_engrais_verts | | lupin blanc |fr | res/Lupins_proteagineux_blancs | res/Lupins_engrais_verts |
| lupin blanc de printemps |fr | Lupins_proteagineux_blancs_printemps | Lupins_engrais_verts | | lupin blanc de printemps |fr | res/Lupins_proteagineux_blancs_printemps | res/Lupins_engrais_verts |
| mélilot jaune |fr | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_fourragers | | mélilot jaune |fr | res/Melilots_jaunes_engrais_verts | res/Melilots_fourragers |
| mélilot jaune |fr | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_officinales | | mélilot jaune |fr | res/Melilots_jaunes_engrais_verts | res/Melilots_officinales |
| mélilot officinal |fr | Melilots_officinales | Melilots_jaunes_engrais_verts | | mélilot officinal |fr | res/Melilots_officinales | res/Melilots_jaunes_engrais_verts |
| pommier sauvage |fr | res/Pommiers_sauvages | res/Pommiers_des_bois |
##### altLabels identiques ##### altLabels identiques
| label | lang | crop1 | crop2 | | label |lang |crop1 |crop2 |
|-------|------|-------|-------| |---|---|---|---|
| faux anis |fr | Aneths | Cumins | | faux anis |fr | res/Aneths | res/Cumins |
| pépinière |fr | Arboriculture | Horticulture_ornementale | | pépinière |fr | res/Arboriculture | res/Horticulture_ornementale |
| cenelle |fr | Aubepines | Azeroliers | | cenelle |fr | res/Aubepines | res/Azeroliers |
| figue |fr | Bananiers_musa | Figuiers | | figue |fr | res/Bananiers_musa | res/Figuiers |
| betterave non fourragère |fr | Betteraves_potageres | Betteraves_sucrieres | | betterave non fourragère |fr | res/Betteraves_potageres | res/Betteraves_sucrieres |
| cougourde |fr | Calebasses | Courges | | cougourde |fr | res/Calebasses | res/Courges |
| carde |fr | Cardons | Poirees | | carde |fr | res/Cardons | res/Poirees |
| chicon |fr | Chicorees_de_Bruxelles | Laitues_romaines | | chicon |fr | res/Chicorees_de_Bruxelles | res/Laitues_romaines |
| chicorée endive |fr | Chicorees_frisees | Chicorees_scaroles | | chicorée endive |fr | res/Chicorees_frisees | res/Chicorees_scaroles |
| chou vert |fr | Choux_frisés | Choux_verts_non_pommes | | chou vert |fr | res/Choux_frisés | res/Choux_verts_non_pommes |
| jardin familial |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins | | jardin familial |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
| jardins ouvriers |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins | | jardins ouvriers |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
| vergers familiaux |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins | | vergers familiaux |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
| haricot blanc |fr | Flageolets | Haricots_secs | | haricot blanc |fr | res/Flageolets | res/Haricots_secs |
| haricot coco |fr | Flageolets | Haricots_secs | | haricot coco |fr | res/Flageolets | res/Haricots_secs |
| haricot nain |fr | Haricots | Haricots_verts | | haricot nain |fr | res/Haricots | res/Haricots_verts |
| haricot à rames |fr | Haricots | Haricots_verts | | haricot à rames |fr | res/Haricots | res/Haricots_verts |
| haricot grain |fr | Haricots_demi_sec | Haricots_secs | | haricot grain |fr | res/Haricots_demi_sec | res/Haricots_secs |
| lupin bleu |fr | Lupins_engrais_verts | Lupins_fourragers | | lupin bleu |fr | res/Lupins_engrais_verts | res/Lupins_fourragers |
| lupin bleu |fr | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux | | lupin bleu |fr | res/Lupins_engrais_verts | res/Lupins_proteagineux |
| lupin jaune |fr | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux | | lupin jaune |fr | res/Lupins_engrais_verts | res/Lupins_proteagineux |
| lupin bleu |fr | Lupins_fourragers | Lupins_proteagineux | | lupin bleu |fr | res/Lupins_fourragers | res/Lupins_proteagineux |
| petit trèfle jaune |fr | Lupulines | Melilots_fourragers | | petit trèfle jaune |fr | res/Lupulines | res/Melilots_fourragers |
| mélilot jaune |fr | Melilots_fourragers | Melilots_officinales | | mélilot jaune |fr | res/Melilots_fourragers | res/Melilots_officinales |
| mûre |fr | Muriers | Ronces | | mûre |fr | res/Muriers | res/Ronces |
| brugnon |fr | Nectariniers | Pechers | | brugnon |fr | res/Nectariniers | res/Pechers |
| pavot bleu |fr | Oeillettes | Pavots_ornementaux | | pavot bleu |fr | res/Oeillettes | res/Pavots_ornementaux |
| pamplemousse |fr | Pamplemoussiers | Pomelos | | pamplemousse |fr | res/Pamplemoussiers | res/Pomelos |
| persil cultivé |fr | Persils | Persils_odorants | | persil cultivé |fr | res/Persils | res/Persils_odorants |
| radis blanc |fr | Radis_chinois | Radis_potagers | | radis blanc |fr | res/Radis_chinois | res/Radis_potagers |
# Marche à suivre pour la publication # Marche à suivre pour la publication
## Outils ## Outils
La publication nécessite un [serveur SPARQL Apache jena-fuseki](https://jena.apache.org/documentation/fuseki2/). La publication nécessite un
[serveur SPARQL Apache jena-fuseki](https://jena.apache.org/documentation/fuseki2/).
Ce serveur SPARQL est lancé en mémoire pour permettre quelques requêtes Ce serveur SPARQL est lancé en mémoire pour permettre quelques requêtes
de modification du thésaurus. D'autre part les outils *s-put*, *s-get* de modification du thésaurus. D'autre part les outils *s-put*, *s-get*
...@@ -106,13 +124,13 @@ git pull origin dev ...@@ -106,13 +124,13 @@ git pull origin dev
protege pour en faire des exports ttl. protege pour en faire des exports ttl.
2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances 2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
redondants (ceux d'autres ontologies). redondants (ceux d'autres ontologies).
Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage, Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage,
qu'on versionne aussi. On la garde pour le `owl:imports`. qu'on versionne aussi. On la garde pour le `owl:imports`.
3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe 3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe
sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète** sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète**
(*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*) (*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple). 4. Sauvegarder et fermer.
Sauvegarder et fermer.
5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en 5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en
`.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste : `.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
```sh ```sh
...@@ -269,6 +287,7 @@ rm toto_forSkosPlay.ttl ...@@ -269,6 +287,7 @@ rm toto_forSkosPlay.ttl
```sh ```sh
# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --hard # S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --hard
# On peut sans problèmes effacer les *_latest.ttl
git checkout master git checkout master
export dt=$( date +'%Y%m%d' ) export dt=$( date +'%Y%m%d' )
export vers=3.3 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon). export vers=3.3 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon).
...@@ -297,10 +316,15 @@ git push # origin v$vers ...@@ -297,10 +316,15 @@ git push # origin v$vers
# Si ça n'est pas déjà fait, ne pas oublier : # Si ça n'est pas déjà fait, ne pas oublier :
export vers=3.3 export vers=3.3
s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ \ # Le port 3030 du serveur n'étant plus accessible,
# on fait un pont ssh dans un autre terminal,
# **après avoir stoppé le serveur local** :
ssh -N -L 3030:localhost:3030 ontology
s-put http://localhost:3030/frenchcropusage/ \
http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/$vers \ http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/$vers \
frenchCropUsage_latest.ttl frenchCropUsage_latest.ttl
s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ default \ s-put http://localhost:3030/frenchcropusage/ default \
frenchCropUsage_latest.ttl frenchCropUsage_latest.ttl
``` ```
...@@ -366,13 +390,13 @@ Il faut mettre à jour la version déréférencée par [http://ontology.inrae.fr ...@@ -366,13 +390,13 @@ Il faut mettre à jour la version déréférencée par [http://ontology.inrae.fr
ssh ontology ssh ontology
cd /var/lib/tomcat9/webapps/frenchcropusage/WEB-INF/ cd /var/lib/tomcat9/webapps/frenchcropusage/WEB-INF/
sudo micro config.ttl sudo mg -n config.ttl
## Changer la valeur de conf:indexResource ## Changer la valeur de conf:indexResource
## ET aussi de conf:sparqlDefaultGraph (un peu en dessous) ## ET aussi de conf:sparqlDefaultGraph (un peu en dessous)
sudo systemctl restart tomcat9.service sudo systemctl restart tomcat9.service
sudo micro /etc/apache2/sites-available/proxy-jena.conf sudo mg -n /etc/apache2/sites-available/proxy-jena.conf
# Adapter la réécriture de la condition /frenchcropusage/def : # Adapter la réécriture de la condition /frenchcropusage/def :
# RewriteCond "%{REQUEST_URI}" "/frenchcropusage/def/?$" # RewriteCond "%{REQUEST_URI}" "/frenchcropusage/def/?$"
# RewriteRule "/frenchcropusage/def/?$" "http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/1.1" [P,L] # RewriteRule "/frenchcropusage/def/?$" "http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/1.1" [P,L]
......