Commit 0da34429 authored by David Carayon's avatar David Carayon
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pagedreports replaces vanilla pagedown

parent eae8169c
Package: InraeThemes
Title: Modèles et thèmes INRAE
Version: 1.0.0
Version: 1.0.1
Authors@R:
c(
person(given = "David",
......
......@@ -19,13 +19,19 @@ library(magrittr)
<!-- badges: start -->
[![Lifecycle: experimental](https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg)](https://www.tidyverse.org/lifecycle/#experimental)
[![Lifecycle:
experimental](https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg)](https://www.tidyverse.org/lifecycle/#experimental)
<!-- badges: end -->
InraeThemes est un package proposant une variété de templates (Rmarkdown/LaTeX), de thèmes (ggplot) et de fonctions utilitaires qui respectent la charte graphique INRAE.
InraeThemes est un package proposant une variété de templates
(Rmarkdown/LaTeX), de thèmes (ggplot) et de fonctions utilitaires qui
respectent la charte graphique INRAE.
**Attention : Ces modèles nécessitent l'installation de 2 polices adoptées dans la charte graphique INRAE : [Raleway](https://fonts.google.com/specimen/Raleway) et [Avenir Next Pro](https://fr.maisfontes.com/avenir-next-lt-pro).**
**Attention : Ces modèles nécessitent l'installation de 2 polices
adoptées dans la charte graphique INRAE :
[Raleway](https://fonts.google.com/specimen/Raleway) et [Avenir Next
Pro](https://fr.maisfontes.com/avenir-next-lt-pro).**
# Installation
......@@ -36,7 +42,9 @@ Le package peut-être installé via :
remotes::install_github("davidcarayon/InraeThemes")
```
Si vous ne possédez aucune installation de LaTeX sur votre machine, vous devrez également en installer une version minimale pour utiliser les modèles mobilisant LaTeX :
Si vous ne possédez aucune installation de LaTeX sur votre machine, vous
devrez également en installer une version minimale pour utiliser les
modèles mobilisant LaTeX :
``` r
install.packages("tinytex")
......@@ -45,11 +53,14 @@ tinytex::install_tinytex()
# Thème ggplot2
Ce package propose différentes fonctions permettant de personnaliser les graphiques produits avec {ggplot2} pour qu'ils correspondent à la charte graphique INRAE.
Ce package propose différentes fonctions permettant de personnaliser les
graphiques produits avec {ggplot2} pour qu'ils correspondent à la charte
graphique INRAE.
## Palette de couleurs
La palette de couleurs construite à partir de la charte graphique V3 est la suivante :
La palette de couleurs construite à partir de la charte graphique V3 est
la suivante :
![](man/figures/scales.png)
......@@ -118,41 +129,81 @@ do.call(gridExtra::grid.arrange, display)
# Templates de documents/présentations
Ce package permet aussi de rédiger des rapports et/ou présentations pré-formatés selon la charte graphique INRAE.
Ce package permet aussi de rédiger des rapports et/ou présentations
pré-formatés selon la charte graphique INRAE.
> **Attention, ces fonctions ne visent qu'à fournir des templates (css, LaTeX, docx, logos) correspondants à la charte INRAE, associés à des fichiers Rmarkdown avec un YAML correctement configuré. Nous invitons les utilisateurs à se renseigner par la suite sur chacune des technologies utilisées (rmarkdown, LaTeX, pagedown, officedown, revaljs, remarkjs, etc.) pour aller plus loin dans la personnalisation des documents.**
> **Attention, ces fonctions ne visent qu'à fournir des templates (css,
> LaTeX, docx, logos) correspondants à la charte INRAE, associés à des
> fichiers Rmarkdown avec un YAML correctement configuré. Nous invitons
> les utilisateurs à se renseigner par la suite sur chacune des
> technologies utilisées (rmarkdown, LaTeX, pagedown, officedown,
> revaljs, remarkjs, etc.) pour aller plus loin dans la personnalisation
> des documents.**
## Rapports
Différents templates sont proposés en fonction de la longueur du rapport et du format de sortie désiré (pdf, docx, html).
Différents templates sont proposés en fonction de la longueur du rapport
et du format de sortie désiré (pdf, docx, html).
### Rapport paginé (Pagedown)
Ce premier template permet de produire un rapport HTML et/ou PDF (au choix) en utilisant le package {pagedown}. Ce format est dédié à la rédaction de rapports relativement courts car la rédaction se concentre dans un seul fichier .Rmd. Lorsque la rédaction devient plus lourde avec séparation des chapitres et une bibliographie par chapitre par exemple, il convient de passer au modèle suivant (i.e. {bookdown}).
Ce premier template permet de produire un rapport HTML et/ou PDF (au
choix) en utilisant le package
[`{pagedreport}`](https://github.com/rfortherestofus/pagedreport),
lui-même basé sur [`{pagedown}`](https://github.com/rstudio/pagedown).
Ce format est dédié à la rédaction de rapports relativement courts car
la rédaction se concentre dans un seul fichier .Rmd. Lorsque la
rédaction devient plus lourde avec séparation des chapitres et une
bibliographie par chapitre par exemple, il convient de passer au modèle
suivant (i.e. `{bookdown}`).
{pagedown} est un package s'appuyant sur [rmarkdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) et [pagedjs](https://www.pagedjs.org/) afin de produire des documents HTML dits "paginés". Puisqu'il s'agit de documents HTML, l'affichage est entièrement personnalisable via l'utilisation de code HTML/CSS. Pour plus d'informations : [Visitez le site de {pagedown}](https://pagedown.rbind.io/).
Ce template est accessible via
`File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Ce template est accessible via `File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Pour son exécution, il faudra installer le package `{pagedreports}`
uniquement disponible sur github à l'heure actuelle :
Le template .Rmd est livré avec une feuille de style .css correspondant aux couleurs INRAE ainsi que différents éléments graphiques (logo, première/dernière page, etc.). Un template au format .svg est également livré afin d'éditer les premières/dernières pages, pour modifier par exemple l'image de fond ou pour écrire directement les informations du rapport (ex: titre trop long, ajout d'un sous-titre, de logos, etc.).
```{r eval = FALSE}
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("rfortherestofus/pagedreport", ref = "main")
```
> NB : les styles CSS sont largement inspirés des travaux de T. Vroylandt [pour les Scouts et Guides de France](https://github.com/tvroylandt/sgdf_pagedown).
Le template .Rmd est livré avec un YAML préformaté selon le template
fourni par le package `{pagedreport}` avec un logo et des couleurs
INRAE. L'utilisateur pourra choisir parmis trois mises en formes
proposées (`hazelnuts`, `grid` ou `windmill`).
L'utilisateur pourra choisir d'utiliser `chrome_print` dans le YAML au moment de la compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de la sortie HTML.
L'utilisateur pourra aussi choisir d'utiliser `chrome_print` dans le
YAML au moment de la compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de
la sortie HTML.
Voici un exemple de rapport :
![](man/figures/cap_rapport.png)
![](man/figures/cap_pagedown.png)
### Rapport fragmenté (Gitbook / Bookdown)
Ce second template permet de produire un rapport HTML et/ou PDF (au choix) en utilisant le package {bookdown}. Ce format est dédié à la rédaction document longs et complexes (i.e livres, thèses, etc.) car il permet une gestion modulaire des chapitres en fragmentant le rapport en plusieurs sous-documents.
Ce second template permet de produire un rapport HTML et/ou PDF (au
choix) en utilisant le package {bookdown}. Ce format est dédié à la
rédaction document longs et complexes (i.e livres, thèses, etc.) car il
permet une gestion modulaire des chapitres en fragmentant le rapport en
plusieurs sous-documents.
{bookdown} est un package principalement dédié, tel que son nom l'indique, à la rédaction de livres. Contrairement au format {pagedown}, la version PDF nécessitera ici une installation LaTeX. Pour plus d'informations : [Visitez le site de {bookdown}](https://bookdown.org/).
{bookdown} est un package principalement dédié, tel que son nom
l'indique, à la rédaction de livres. Contrairement au format {pagedown},
la version PDF nécessitera ici une installation LaTeX. Pour plus
d'informations : [Visitez le site de {bookdown}](https://bookdown.org/).
Comme il s'agit d'un format particulier, constitué d'un grand nombre de fichiers, celui-ci ne peut être proposé via un template de document, mais plutôt via un template de projet Rstudio via `Projects > New Project > New Directory > Gitbook INRAE`. L'utilisateur peut ici définir la localisation de son projet de rapport et choisir d'initialiser ou non un dépôt git.
Comme il s'agit d'un format particulier, constitué d'un grand nombre de
fichiers, celui-ci ne peut être proposé via un template de document,
mais plutôt via un template de projet Rstudio via
`Projects > New Project > New Directory > Gitbook INRAE`. L'utilisateur
peut ici définir la localisation de son projet de rapport et choisir
d'initialiser ou non un dépôt git.
Pour la compilation globale du document, nous vous suggérons le widget rstudio `Build > Build book` dans le panneau contenant notamment les objets R.
Pour la compilation globale du document, nous vous suggérons le widget
rstudio `Build > Build book` dans le panneau contenant notamment les
objets R.
Voici un exemple de rapport :
......@@ -160,11 +211,16 @@ Voici un exemple de rapport :
### Rapport éditable (Word)
Ce troisième template permet de produire un rapport au format Microsoft Word (.docx). Il fait appel aux packages [{officer}](https://cran.r-project.org/package=officer) et [{officedown}](https://github.com/davidgohel/officedown).
Ce troisième template permet de produire un rapport au format Microsoft
Word (.docx). Il fait appel aux packages
[{officer}](https://cran.r-project.org/package=officer) et
[{officedown}](https://github.com/davidgohel/officedown).
Ce template est accessible via `File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Ce template est accessible via
`File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Le template Rmd est livré avec un template au format .docx, à modifier selon les préférences de l'utilisateur, et un logo bloc-état.
Le template Rmd est livré avec un template au format .docx, à modifier
selon les préférences de l'utilisateur, et un logo bloc-état.
Voici un exemple de rapport :
......@@ -172,17 +228,24 @@ Voici un exemple de rapport :
### Rapport statique (LaTeX)
Ce quatrième template est une exception puisqu'il s'agit d'un template LaTeX (et non Rmarkdown). Une maîtrise de LaTeX est donc requise pour l'utilisation de ce modèle.
Ce quatrième template est une exception puisqu'il s'agit d'un template
LaTeX (et non Rmarkdown). Une maîtrise de LaTeX est donc requise pour
l'utilisation de ce modèle.
> **Note : Ce modèle a été développé par E. Quinton (INRAE/EABX).**
Puisque ce template nécessite un grand nombre de fichiers pour fonctionner (images, page de garde, etc.) et n'est pas un template Rmarkdown, celui-ci ne peut être proposé via un addin Rstudio. Mais son utilisation reste simple, puisqu'il suffit juste de lancer la commande :
Puisque ce template nécessite un grand nombre de fichiers pour
fonctionner (images, page de garde, etc.) et n'est pas un template
Rmarkdown, celui-ci ne peut être proposé via un addin Rstudio. Mais son
utilisation reste simple, puisqu'il suffit juste de lancer la commande :
```{r eval = FALSE}
latex_report("Mon_Rapport")
```
Pour créer un répertoire contenant le template prêt à l'emploi. Le fichier principal du template (`document_inrae.tex`) sera automatiquement ouvert sur Rstudio.
Pour créer un répertoire contenant le template prêt à l'emploi. Le
fichier principal du template (`document_inrae.tex`) sera
automatiquement ouvert sur Rstudio.
Voici un exemple de rapport :
......@@ -192,13 +255,21 @@ Voici un exemple de rapport :
### Présentation dynamique 2D (RevealJS)
Ce cinquième template permet de produire une présentation HTML utilisant la technologie RevealJS. La présentation est construites en 2 niveaux : les titres de premiers niveau définissent la dimension horizontale tandis que les titres de second niveau (et plus) définissent la dimension verticale. Chaque titre correspond à une diapositive.
Ce cinquième template permet de produire une présentation HTML utilisant
la technologie RevealJS. La présentation est construites en 2 niveaux :
les titres de premiers niveau définissent la dimension horizontale
tandis que les titres de second niveau (et plus) définissent la
dimension verticale. Chaque titre correspond à une diapositive.
Ce template est accessible via `File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Ce template est accessible via
`File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Le template Rmd est livré avec une feuille de style CSS correspondant aux couleurs INRAE et un logo bloc-etat.
Le template Rmd est livré avec une feuille de style CSS correspondant
aux couleurs INRAE et un logo bloc-etat.
L'utilisateur pourra choisir d'utiliser `chrome_print` au moment de la compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de la sortie HTML (Mais déconseillé, privilégier RemarkJS pour la sortie PDF).
L'utilisateur pourra choisir d'utiliser `chrome_print` au moment de la
compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de la sortie HTML (Mais
déconseillé, privilégier RemarkJS pour la sortie PDF).
Voici un exemple de présentation :
......@@ -206,15 +277,24 @@ Voici un exemple de présentation :
### Présentation statique (RemarkJS)
Ce sixième template permet de produire une présentation HTML/PDF utilisant la technologie RemarkJS du package {[xaringan](https://github.com/yihui/xaringan)}.
Ce sixième template permet de produire une présentation HTML/PDF
utilisant la technologie RemarkJS du package
{[xaringan](https://github.com/yihui/xaringan)}.
Ce template est accessible via `File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Ce template est accessible via
`File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Le template Rmd est livré avec une feuille de style CSS correspondant aux couleurs INRAE, un fichier HTML permettant d'insérer le logo bloc-état sur chaque slide via du JavaScript et un logo INRAE blanc (issu de la charte graphique INRAE).
Le template Rmd est livré avec une feuille de style CSS correspondant
aux couleurs INRAE, un fichier HTML permettant d'insérer le logo
bloc-état sur chaque slide via du JavaScript et un logo INRAE blanc
(issu de la charte graphique INRAE).
> Note : le style CSS est très largement inspiré du [thème développé par A. Bichat](https://github.com/abichat/defense/) pour sa soutenance de thèse.
> Note : le style CSS est très largement inspiré du [thème développé par
> A. Bichat](https://github.com/abichat/defense/) pour sa soutenance de
> thèse.
L'utilisateur pourra choisir d'utiliser `chrome_print` au moment de la compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de la sortie HTML.
L'utilisateur pourra choisir d'utiliser `chrome_print` au moment de la
compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de la sortie HTML.
Voici un exemple de présentation :
......@@ -222,11 +302,14 @@ Voici un exemple de présentation :
### Présentation éditable (Powerpoint)
Ce septième template permet de produire un une présentation au format PowerPoint
Ce septième template permet de produire un une présentation au format
PowerPoint
Ce template est accessible via `File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Ce template est accessible via
`File > New File > Rmarkdown > From Template`.
Le template Rmd est livré avec un template au format .pptx, à modifier selon les préférences de l'utilisateur.
Le template Rmd est livré avec un template au format .pptx, à modifier
selon les préférences de l'utilisateur.
Voici un exemple de présentation :
......@@ -234,30 +317,42 @@ Voici un exemple de présentation :
### Présentation beamer (LaTeX)
Ce huitième template est une autre exception puisqu'il s'agit d'un template LaTeX (et non Rmarkdown). Une maîtrise de LaTeX est donc requise pour l'utilisation de ce modèle.
Ce huitième template est une autre exception puisqu'il s'agit d'un
template LaTeX (et non Rmarkdown). Une maîtrise de LaTeX est donc
requise pour l'utilisation de ce modèle.
> **Note : Ce modèle a été développé par E. Quinton (INRAE/EABX).**
Puisque ce template nécessite un grand nombre de fichiers pour fonctionner (images, page de garde, etc.) et n'est pas un template Rmarkdown, celui-ci ne peut être proposé via un addin Rstudio. Mais son utilisation reste simple, puisqu'il suffit juste de lancer la commande :
Puisque ce template nécessite un grand nombre de fichiers pour
fonctionner (images, page de garde, etc.) et n'est pas un template
Rmarkdown, celui-ci ne peut être proposé via un addin Rstudio. Mais son
utilisation reste simple, puisqu'il suffit juste de lancer la commande :
```{r eval = FALSE}
latex_presentation("Ma_Presentation")
```
Pour créer un répertoire contenant le template prêt à l'emploi. Le fichier principal du template (`modele_beamer_inrae.tex`) sera automatiquement ouvert sur Rstudio.
Pour créer un répertoire contenant le template prêt à l'emploi. Le
fichier principal du template (`modele_beamer_inrae.tex`) sera
automatiquement ouvert sur Rstudio.
Voici un exemple de rapport :
![](man/figures/cap_beamer.png)
## Autres ressources
- Le package [{pagedreport}](https://github.com/rfortherestofus/pagedreport) propose un ensemble de templates de rapport paginés (pagedown) avec une customisation simple via le YAML. Vous pouvez tout à fait combiner ces templates aux couleurs / images utilisés dans InraeThemes.
# Création d'un répertoire d'analyse
Nous proposons dans ce package un template de projet pour l'analyse de données, librement inspiré du package [{ProjectTemplate}](https://cran.r-project.org/web/packages/ProjectTemplate/) Ce template est directement accessible dans Rstudio via `Projects > New Project > New Directory > New data analysis`. L'utilisateur peut ici définir la localisation de son projet et choisir d'initialiser ou non un dépôt git.
> Note : Cette architecture n'est qu'un exemple de bonne pratiques parmis bien d'autres. Libre à vous de modifier ce template selon vos habitudes. Vos suggestions d'améliorations sont évidemment les bienvenues [ici](https://github.com/davidcarayon/InraeThemes/issues).
Nous proposons dans ce package un template de projet pour l'analyse de
données, librement inspiré du package
[{ProjectTemplate}](https://cran.r-project.org/web/packages/ProjectTemplate/)
Ce template est directement accessible dans Rstudio via
`Projects > New Project > New Directory > New data analysis`.
L'utilisateur peut ici définir la localisation de son projet et choisir
d'initialiser ou non un dépôt git.
> Note : Cette architecture n'est qu'un exemple de bonne pratiques
> parmis bien d'autres. Libre à vous de modifier ce template selon vos
> habitudes. Vos suggestions d'améliorations sont évidemment les
> bienvenues [ici](https://github.com/davidcarayon/InraeThemes/issues).
![](man/figures/cap_dir.png)
......@@ -136,41 +136,38 @@ et du format de sortie désiré (pdf, docx, html).
### Rapport paginé (Pagedown)
Ce premier template permet de produire un rapport HTML et/ou PDF (au
choix) en utilisant le package {pagedown}. Ce format est dédié à la
rédaction de rapports relativement courts car la rédaction se concentre
dans un seul fichier .Rmd. Lorsque la rédaction devient plus lourde avec
séparation des chapitres et une bibliographie par chapitre par exemple,
il convient de passer au modèle suivant (i.e. {bookdown}).
{pagedown} est un package s’appuyant sur
[rmarkdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) et
[pagedjs](https://www.pagedjs.org/) afin de produire des documents HTML
dits “paginés”. Puisqu’il s’agit de documents HTML, l’affichage est
entièrement personnalisable via l’utilisation de code HTML/CSS. Pour
plus d’informations : [Visitez le site de
{pagedown}](https://pagedown.rbind.io/).
choix) en utilisant le package
[`{pagedreport}`](https://github.com/rfortherestofus/pagedreport),
lui-même basé sur [`{pagedown}`](https://github.com/rstudio/pagedown).
Ce format est dédié à la rédaction de rapports relativement courts car
la rédaction se concentre dans un seul fichier .Rmd. Lorsque la
rédaction devient plus lourde avec séparation des chapitres et une
bibliographie par chapitre par exemple, il convient de passer au modèle
suivant (i.e. `{bookdown}`).
Ce template est accessible via `File > New File > Rmarkdown > From
Template`.
Le template .Rmd est livré avec une feuille de style .css correspondant
aux couleurs INRAE ainsi que différents éléments graphiques (logo,
première/dernière page, etc.). Un template au format .svg est également
livré afin d’éditer les premières/dernières pages, pour modifier par
exemple l’image de fond ou pour écrire directement les informations du
rapport (ex: titre trop long, ajout d’un sous-titre, de logos, etc.).
Pour son exécution, il faudra installer le package `{pagedreports}`
uniquement disponible sur github à l’heure actuelle :
> NB : les styles CSS sont largement inspirés des travaux de T.
> Vroylandt [pour les Scouts et Guides de
> France](https://github.com/tvroylandt/sgdf_pagedown).
``` r
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("rfortherestofus/pagedreport", ref = "main")
```
L’utilisateur pourra choisir d’utiliser `chrome_print` dans le YAML au
moment de la compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de la
sortie HTML.
Le template .Rmd est livré avec un YAML préformaté selon le template
fourni par le package `{pagedreport}` avec un logo et des couleurs
INRAE. L’utilisateur pourra choisir parmis trois mises en formes
proposées (`hazelnuts`, `grid` ou `windmill`).
L’utilisateur pourra aussi choisir d’utiliser `chrome_print` dans le
YAML au moment de la compilation pour obtenir un fichier PDF en plus de
la sortie HTML.
Voici un exemple de rapport :
![](man/figures/cap_rapport.png)
![](man/figures/cap_pagedown.png)
### Rapport fragmenté (Gitbook / Bookdown)
......@@ -332,15 +329,6 @@ Voici un exemple de rapport :
![](man/figures/cap_beamer.png)
## Autres ressources
- Le package
[{pagedreport}](https://github.com/rfortherestofus/pagedreport)
propose un ensemble de templates de rapport paginés (pagedown) avec
une customisation simple via le YAML. Vous pouvez tout à fait
combiner ces templates aux couleurs / images utilisés dans
InraeThemes.
# Création d’un répertoire d’analyse
Nous proposons dans ce package un template de projet pour l’analyse de
......
---
title: "Titre du document"
author: "Auteur | Unité de Recherche"
date: "Janvier 2021"
output:
pagedown::html_paged:
highlight: haddock
toc: true
lot: true
lof: true
css:
- "style/pagedown_inrae.css"
subtitle: "Sous titre"
author: "Auteur du document"
date: "Date"
output:
pagedreport::paged_windmill:
#pagedreport::paged_hazelnuts:
#pagedreport::paged_grid:
front_img: "https://pixnio.com/free-images/2017/09/29/2017-09-29-09-57-21-1100x683.jpg"
back_img: "https://pixnio.com/free-images/2017/09/29/2017-09-29-09-57-21-1100x683.jpg"
logo: "style/logo_inrae.svg"
img_to_dark: TRUE
logo_to_white: TRUE
knit: pagedown::chrome_print
toc-title: "Sommaire"
main-color: "#00a3a6"
secondary-color: "#00a3a6"
google-font: TRUE
main-font: "Montserrat"
header-font: "Raleway"
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
echo = FALSE,
message = FALSE,
warning = FALSE,
dpi = 300,
out.width = 2100
)
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r packages}
library(InraeThemes)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(gt)
library(gridExtra)
```
>
> # A PROPOS
>
> Ce document est un rapport au format {pagedown} généré par le package {InraeThemes}.
> Il consiste en un fichier Rmarkdown (.Rmd) associé à un répertoire de "styles" contenant une feuille de style CSS ainsi que les éléments graphiques relatifs à INRAE (logos, sigles, etc.)
>
> Les premières et dernières pages de ce modèle sont des images (PNG) insérées en tant que fond. Ainsi, les informations du YAML sont automatiquement rajoutées par dessous.
> Un template au format .svg est également livré afin d'éditer cette première page, par exemple pour modifier l'image de fond ou pour écrire directement les informations du rapport (dans le cas par exemple d'un titre trop long, d'un sous-titre, etc.). Il suffit d'ouvrir ce fichier sous [Inkscape](https://inkscape.org/fr/), puis d'exporter la page sous le nom de "styles/page_avant.png".
>
> Le document est initialement généré en HTML (sortie native de pagedown), mais peut être exporté en PDF en dé-commentant `knit: pagedown::chrome_print` dans le YAML.
>
> Vous êtes libres de personnaliser le CSS de ce modèle à vos goûts (cf. documentation [pagedown](https://pagedown.rbind.io/) & [paged.js](https://www.pagedjs.org/)) et vos suggestions sont les bienvenues sur le [Github InraeThemes](https://github.com/davidcarayon/InraeThemes/issues) !
# Intro {-}
# This is part 1
Cf. [sous section](#Equations).
## Second level
Citer un article [@article] (Penser à inclure le .bib dans le YAML)
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
Cf. section [Analyse].
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
# Tableaux {-}
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
`Vestibulum` imperdiet, ex vel sodales facilisis, nibh tellus imperdiet massa, sit amet scelerisque orci velit vel tellus. Ut consequat justo tincidunt porttitor varius. Suspendisse erat ipsum, feugiat vitae rhoncus non, molestie ac purus. Morbi aliquet, elit eget blandit suscipit, est lacus facilisis turpis, nec fermentum nunc felis et lorem.
## Second level
::: {#Table1}
Exemple de tableau avec {gt} :
:::
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
```{r}
gt::gt(head(mtcars)) %>% gt::tab_options(table.width = pct(100))
```
## Equations {-}
Finally, be sure to remove this message! This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
> Bloc de citation
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Les formules LaTeX peuvent être utilisés au sein d'un paragraphe : $E=mc^2$ ou en tant qu'équation sur une ligne seule :
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
::: {#eq1}
:::
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
$$f=\frac{a}{b+c}$$
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Ligne verticale :
Finally, be sure to remove this message!This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
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Cras pulvinar ligula ac nisi porttitor, volutpat congue orci tincidunt. Pellentesque non mi congue, porta enim eget, venenatis sem. Integer suscipit vulputate tellus, eget commodo dolor gravida vel. Suspendisse gravida gravida ligula, in interdum sapien molestie ut.
+ item 1
+ item 2
+ item 3
### Graphiques {-}
1. numbered 1
2. numbered 2
3. numbered 3
Cf. [table](#Table1) ci-dessus.
On reprend un des exemples proposés dans le README du package InraeThemes :
## Second level
```{r example, message = FALSE, fig.width = 14, fig.height=8, dpi = 320}
## On charge les données d'exemple du package
data("example_datasets")
Finally, be sure to remove this message!
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
## On construit 4 graphiques d'exemple, stockés dans une même liste
display <- list(
ggplot(example_datasets$www, aes_string(x = 'Minute', y = 'Users',
color = 'Measure',
shape = 'Measure')) +
geom_line() +
geom_point(size = 3) +
facet_wrap(~Measure) +
geom_point(size = 1.8) +
scale_color_inrae() +
scale_shape_manual(values = c(15, 16)) +
labs(title = "Titre", subtitle = "Sous-titre") +
theme_inrae(),
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
ggplot(example_datasets$cars, aes_string(x = 'mpg', fill = 'cyl',
colour = 'cyl')) +
geom_density(alpha = 0.75) +
scale_fill_inrae() +
scale_color_inrae() +
labs(fill = 'Cylinders', colour = 'Cylinders', x = 'MPG', y = 'Density') +
theme_inrae(),
Finally, be sure to remove this message!
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
ggplot(example_datasets$dia, aes_string(x = 'price', fill = 'cut')) +
geom_histogram(binwidth = 850) +
xlab('Price (USD)') +
ylab('Count') +
scale_fill_inrae() +
scale_x_continuous(label = function(x) paste0(x / 1000, 'k'))+
theme_inrae(),
# And now part 2
ggplot(example_datasets$drivers, aes_string(x = 'Year', y = 'Deaths',
fill = "Year")) +
geom_boxplot(size = 0.25) +
ylab('Monthly Deaths') +
theme_inrae() +
scale_fill_inrae() +
coord_flip() +
labs(caption = "Caption")
)
# On assemble
do.call(gridExtra::grid.arrange, display)
```
This file is what a user will see when they select your template. Make sure that you update the fields in the yaml header. In particular you will want to update the `output` field to whatever format your template requires.
# Conclusion {-}
## Second level
Conclusion.
This is a good place to demonstrate special features that your template provides. Ideally it should knit out-of-the-box, or at least contain clear instructions as to what needs changing.
# References {-}
Finally, be sure to remove this message!
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/* DISCLAIMER : Ce travail s'appuie sur le template bénévolement produit par T. Vroylandt pour les scouts de france et mis à disposition de la communauté (tvroylandt/sgdf_pagedown)
/* Code adapté par D. Carayon (INRAE)
/* paragaphe et liste */