copain issueshttps://gitlab.irstea.fr/groups/copain/-/issues2024-01-29T16:41:48+01:00https://gitlab.irstea.fr/copain/phenologicalstages/-/issues/11republier ppdo sur le web dans mon fichier il y a bien des label prefere dans...2024-01-29T16:41:48+01:00Roussey Catherinerepublier ppdo sur le web dans mon fichier il y a bien des label prefere dans echelle globale. Attention j'ai renommé les uri pour suivre le patron def quand c'est onto...https://gitlab.irstea.fr/copain/phenologicalstages/-/issues/10skos:prefLabel absent pour l'échelle globale2023-12-21T15:40:25+01:00Marine Courtinskos:prefLabel absent pour l'échelle globalelien vers la ressource : [http://ontology.inrae.fr/ppdo/snorql/?describe=http%3A%2F%2Fontology.inrae.fr%2Fppdo%2Fontology%2Fbbch_globalScale](http://ontology.inrae.fr/ppdo/snorql/?describe=http%3A%2F%2Fontology.inrae.fr%2Fppdo%2Fontology...lien vers la ressource : [http://ontology.inrae.fr/ppdo/snorql/?describe=http%3A%2F%2Fontology.inrae.fr%2Fppdo%2Fontology%2Fbbch_globalScale](http://ontology.inrae.fr/ppdo/snorql/?describe=http%3A%2F%2Fontology.inrae.fr%2Fppdo%2Fontology%2Fbbch_globalScale)Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/45skos:altLabel erroné pour fcu:Vignes_cuve2023-07-13T15:06:29+02:00Marine Courtinskos:altLabel erroné pour fcu:Vignes_cuveIl y a un de ces deux skos:altLabel à enlever (le premier sans doute ?):
- "vigne: raisin de cuve non en production"@fr
- "vigne: raisins de cuve en production"@fr
[http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/Vignes_cuve](http://ontology.i...Il y a un de ces deux skos:altLabel à enlever (le premier sans doute ?):
- "vigne: raisin de cuve non en production"@fr
- "vigne: raisins de cuve en production"@fr
[http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/Vignes_cuve](http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/Vignes_cuve)https://gitlab.irstea.fr/copain/phenologicalstages/-/issues/9Manque d'info BBCH general 682023-12-21T15:47:06+01:00Marine CourtinManque d'info BBCH general 68Pour la ressource [BBCH general 68](http://ontology.inrae.fr/ppdo/ontology/bbch_generalScale_secondaryStage_BBCH68), il n'y a aucune info à part le fait qu'elle précède bbch general 69.
Je ne sais pas quelle est la description minimale m...Pour la ressource [BBCH general 68](http://ontology.inrae.fr/ppdo/ontology/bbch_generalScale_secondaryStage_BBCH68), il n'y a aucune info à part le fait qu'elle précède bbch general 69.
Je ne sais pas quelle est la description minimale mais j'imagine qu'il faut un `rdf:type` et un `skos:prefLabel` ?Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/39Absence de skos:prefLabel fr pour Pommiers_sauvages2023-08-09T10:20:33+02:00Marine CourtinAbsence de skos:prefLabel fr pour Pommiers_sauvagesPour la ressource [Pommiers_sauvages](http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/Pommiers_sauvages) il manque un skos:prefLabel en français (le seul qui existe est en anglais).Pour la ressource [Pommiers_sauvages](http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/Pommiers_sauvages) il manque un skos:prefLabel en français (le seul qui existe est en anglais).Clement JonquetClement Jonquethttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/29documentation des corpus de tests2022-12-02T15:47:55+01:00Roussey Catherinedocumentation des corpus de testsil faut etre plus precis sur la description des corpus de tests, voir ce que j'ai mis dans le readme des corpus de testsil faut etre plus precis sur la description des corpus de tests, voir ce que j'ai mis dans le readme des corpus de testsBernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/28Annotations multiples PPDO2022-10-11T14:44:02+02:00Bernard StephanAnnotations multiples PPDO# Contexte
Les plans d'annotation sur les stades de cultures renvoient des valeurs multiples. Par exemple, sur [ce bulletin de santé du végétal](http://ontology.inrae.fr/bsv/files/pdf/Q12130/2013/130507_BSV_Lin__Oleagineux_n9_F_cle4bfe1...# Contexte
Les plans d'annotation sur les stades de cultures renvoient des valeurs multiples. Par exemple, sur [ce bulletin de santé du végétal](http://ontology.inrae.fr/bsv/files/pdf/Q12130/2013/130507_BSV_Lin__Oleagineux_n9_F_cle4bfe17.pdf) (ici en [version html](http://ontology.inrae.fr/bsv/files/html/Q12130/2013/130507_BSV_Lin__Oleagineux_n9_F_cle4bfe17.html)), il y a en haut de la page 6 un titre « *Stade F1 (BBCH 59 - 60) : La première fleur est épanouie* ».
En rencontrant la chaîne « *BBCH 59 - 60* », le plan d'annotation renvoie deux stades de développement : BBCH 59 et BBCH 60.
## 1. Associer deux stades de culture à une annotation
Open Annotation ne l'interdit pas : à une instance de `oa:Annotation`, on peut associer plusieurs `oa:hasBody`.
Est-ce d'accord pour qu'on puisse écrire :
```turtle
bsv:resources/idBsv/aa210909/BBCH59_2.1_002 a oa:Annotation .
bsv:resources/idBsv/aa210909/BBCH59_2.1_002 oa:hasBody ppdo:BBCH59 .
bsv:resources/idBsv/aa210909/BBCH59_2.1_002 oa:hasBody ppdo:BBCH60 .
```
Dans l'affirmative, faut-il renommer "BBCH59_2.1_002" pour qu'il devienne "BBCH59-60_2.1_002" ?
Initialement, la choix avait été fait de donner un mot désignant le `skos:hasBody` pour permettre une lecture compréhensible de l'URI. Renommer BBCH59 en BBCH59-60 induit un traitement spécifique à l'échelle BBCH dans le processus d'intégration des annotations au triplestore.
## 2. GlobalScale et GeneralScale
La chaîne de caractères "BBCH 59" est un skos:altLabel de [bbch_generalScale_secondaryStage_BBCH59](http://ontology.inrae.fr/ppdo/ontology/bbch_generalScale_secondaryStage_BBCH59) mais aussi de [bbch_globalScale_secondaryStage_BBCH59](http://ontology.inrae.fr/ppdo/ontology/bbch_globalScale_secondaryStage_BBCH59).
Faut-il mettre les deux liens `oa:hasBody` dans l'annotation ?
**Remarques :**
- Ceci est encore plus flagrant lorsque l'on rencontre un mot désignant un stade de culture. Par exemple, « *tallage* » est un `skos:altLabel` de BBCH2 pour les deux échelles.
- Mettre les deux liens semble avoir du sens. Si l'on a un lien vers la *globalScale* mais pas de lien vers la *generalScale*, ça signifie qu'on est sur une échelle spécifique. On a donc une spécialisation de la culture.Roussey CatherineRoussey Catherinehttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/32uri fcu dans le sparql end point2022-10-03T11:23:19+02:00Roussey Catherineuri fcu dans le sparql end pointje ne peux pas interroger FCU en indiquant le triplet
?concept skos:inScheme <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage>.
Pourquoi?je ne peux pas interroger FCU en indiquant le triplet
?concept skos:inScheme <http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage>.
Pourquoi?Roussey CatherineRoussey Catherinehttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/27Plan d'annotation BBCH2022-10-04T10:24:15+02:00Bernard StephanPlan d'annotation BBCHLe plan d'annotation du commit [18e342…e6d2c](https://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/tree/18e342966afb7fbec610c4d734fd7a29b28e6d2c) génère des erreurs dans le fichier `ppdo-baseline-bbch.csv`.
En particulier il génère des URI du type b...Le plan d'annotation du commit [18e342…e6d2c](https://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/tree/18e342966afb7fbec610c4d734fd7a29b28e6d2c) génère des erreurs dans le fichier `ppdo-baseline-bbch.csv`.
En particulier il génère des URI du type bbch:globalScale_secondaryStage_BBCH-69 là où la véritable URI n'a pas de tiret. Or le code correspondant est celui-ci :
```xml
<!-- BBCH-00 -->
<BBCH_DD class="PatternMatcher">
<pattern>
[ @form =^ "BBCH" ]
[ @form == "-"]?
(number:[ @form =~ "[0-9]{2}$" ])
</pattern>
<actions>
<createAnnotation layer="bbch" features='(…),uri=("bbch:globalScale_secondaryStage_BBCH" ^ group:number)'/>
</actions>
<constantAnnotationFeatures>type=BBCH-DD</constantAnnotationFeatures>
</BBCH_DD>
```
Le texte qui déclenche est «…entre les stades BBCH-69 et 73 (grains…», dans [ce BSV là](http://ontology.inrae.fr/bsv/files/html/Q16994/2019/bsv_viti_13_27_06_2019_cle07f426.html).
On identifie que c'est bien ce code là qui est exécuté par la valeur BBCH-DD du constantAnnotationFeatures.
Si on retire la ligne `[ @form == "-"]?` on obtient la même chose (ça matche tout aussi bien le bout de texte entre guillemets). Et si on enlève juste le point d'interrogation ça ne matche plus du tout (ni «BBCH 69», ni «BBCH-69»).
À noter que `bbch.plan` n'est pas «exclusif», je veux dire par là que la chaîne en exemple au-dessus va réagir aux patterns "BBCH" et "BBCH-69" et générer 2 lignes de résultat. Il devrait aussi réagir à un pattern défini pour reconnaître "BBCH-69 et 73" mais celui-ci ne fonctionne pas.
D'autres patterns présentent un problème similaire. Par exemple :
- [Ce BSV](http://ontology.inrae.fr/bsv/files/html/Q18678082/2019/BSV_NA_GC_AQUITAINE_N09_20190404_cle0279a3.html) qui renvoie *bbch:globalScale_secondaryStage_BBCH31-32* avec le même pattern qu'au-dessus sur la chaîne «stades 1 à 2 nœuds (BBCH31-32).» (Ce fichier présente d'autres occurrences qui ont le même problème).
- Ou [cet autre BSV](http://ontology.inrae.fr/bsv/files/html/Q18678082/2019/BSV_NA_LEGUMES_PC__INDUSTRIE_08_20190704_cle039911.html) qui renvoie *bbch:globalScale_secondaryStage_BBCH13-17* pour la chaîne «(BBCH 13-17)» avec le même pattern.
Pour ces deux exemples, un autre pattern a été défini, qui ne *matche* pas :
```xml
<!-- BBCH 17 à 19-->
<!-- BBCH 17 - 19-->
<BBCH_RANGE class="PatternMatcher">
<pattern>
[ @form == "BBCH" ]
[ @form == "-"]?
(number3 : [ @form =~ "[0-9]{2}" ])
[@form == "à" or @form == "-"]
(number4 : [ @form =~ "[0-9]{2}" ])
</pattern>
<actions>
<createAnnotation layer="bbch" features='number=group:number3,canonical-form=("BBCH " ^ group:number3)'/>
<createAnnotation layer="bbch" features='number=group:number4,canonical-form=("BBCH " ^ group:number4)'/>
</actions>
<constantAnnotationFeatures>type=BBCH_RANGE</constantAnnotationFeatures>
</BBCH_RANGE>
```Robert BossyRobert Bossyhttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/30gestion des versions pour un thesaurus2022-09-05T11:27:01+02:00Roussey Catherinegestion des versions pour un thesaurusLa propriété versionInfo est une annotation property et une ontology property, elle est présente dans la specification OWL 1 et n'est plus présente dans la spécification OWL 2.
dans OWL 2 une ontologie (et toute ressource sémantique) a ...La propriété versionInfo est une annotation property et une ontology property, elle est présente dans la specification OWL 1 et n'est plus présente dans la spécification OWL 2.
dans OWL 2 une ontologie (et toute ressource sémantique) a deux IRI: la base et une versionnée: La propriété versionIRI est une ontology property et n'est pas une annotation property.
La spécification indique que la dernière version de l'ontologie doit être accessible par ces deux IRI
https://www.w3.org/TR/owl2-syntax/#Versioning_of_OWL_2_Ontologies.
# La question est: faut il créé deux individus différents dans le graphe pour représenter IRI de base et IRI versionné?
## deux individus IRI de base + IRI versionné: qu'est ce qu'on met comme individu derrière ces 2 IRI?
Deux individus distincts copie l'un de l'autre.
TSCF a fait le choix d'avoir un graphe nommé par version. Donc dans le SPARQL Endpoint on n'a bien deux individus avec des IRI différentes, qui sont deux copies du même objet. Ces 2 IRI sont interrogeables en SPARQL. Dans les graphes nommés, les instances des skos:Concept ont une IRI avec IRI de base et ils sont dupliqués dans chaque graphe nommé.
Le fichier .owl brut disponible sur le git en lien avec agroportal indique bien une ontologie avec une IRI de base différente de la version IRI. Sinon Agroportal ne peut pas détecté la version.
## cas un individu IRI versionné: Qu'est ce qu'on met comme individu derrière cet IRI et que devient IRI de base.
le déréférencement à un role important: toute demande de l'IRI de base doit renvoyé l'individu représentant IRI versionné.
il n'y a dans le SPARQL Endpoint qu'un seul individu celui de l'IRI versionné. Mais alors les mentions de l'IRI de base dans le fichier ne sont pas interrogeable en SPARQL.
Possibilité remplacé toutes les mentions de l'IRI de base par l'IRI versionné. Ce qui revient à écrire un triplet IRIversionné isVersionOf IRIversionné.Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/24documentation du depot git2022-02-14T17:43:15+01:00Roussey Catherinedocumentation du depot gitdans chaque repertoire il faut une documentation avec un fichier readme du contenu du repertoire. Anna tu as fait une hierarchie de repertoire dans output mais tu n'as pas fait de readme pour chacun de ces repertoires.dans chaque repertoire il faut une documentation avec un fichier readme du contenu du repertoire. Anna tu as fait une hierarchie de repertoire dans output mais tu n'as pas fait de readme pour chacun de ces repertoires.Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/phenologicalstages/-/issues/3publication sur lov and agroportal2023-01-18T17:46:34+01:00Roussey Catherinepublication sur lov and agroportalverifier les propriétés indiquées dans
https://lov.linkeddata.es/Recommendations_Vocabulary_Design.pdf
<vann:preferredNamespacePrefix>caso</vann:preferredNamespacePrefix>.
<vann:preferredNamespaceUri rdf:datatype="http://www.w3.org/...verifier les propriétés indiquées dans
https://lov.linkeddata.es/Recommendations_Vocabulary_Design.pdf
<vann:preferredNamespacePrefix>caso</vann:preferredNamespacePrefix>.
<vann:preferredNamespaceUri rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI">http://www.w3id.org/def/caso</vann:preferredNamespaceUri>
<dc:issued rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime">2018-05-18T15:04:00+01:00</dc:issued> date of the first publication
<dc:modified rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime">
<dc:publisher rdf:resource="https://www.irstea.fr/en/research/research-units/tscf"/> this property should be updated with the new url
https://www6.clermont.inrae.fr/tscf/
the name of the publisher is in french UR1471 TSCF - Unité de recherche Technologies et systèmes d'information pour les agro-systèmes. There is no officiel english translation but it should be something like Research Unit Technologies and Information Systems for Agrosystems
about the property rdf:type that reuse the voaf vocabulary I do not know if caso and irrig are a vacabulary or a vocabulary space.
<rdf:type rdf:resource="http://purl.org/vocommons/voaf#Vocabulary"/>Clement JonquetClement Jonquethttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/18metadonnée2023-05-12T10:51:29+02:00Roussey Catherinemetadonnée
sauf erreur de ma part tu n'es pas fait une branche 3.2 alors que la version courante est 3.3.
Il faudrait aussi modifier à chaque mise à jour le fichier changelog de modification
sauf erreur de ma part tu n'es pas fait une branche 3.2 alors que la version courante est 3.3.
Il faudrait aussi modifier à chaque mise à jour le fichier changelog de modificationBernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/phenologicalstages/-/issues/1URI2020-09-25T09:54:13+02:00Roussey CatherineURIremplacer ontology.inrae.fr par opendata.inrae.fr.
tester ce changement de regles dans le proxy avant de tout refaire.remplacer ontology.inrae.fr par opendata.inrae.fr.
tester ce changement de regles dans le proxy avant de tout refaire.Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/17Attention : changement d'URI2021-01-12T19:10:17+01:00Bernard StephanAttention : changement d'URI**Attention** : dans *usageCulture20200210.rdf*, on a `xml:base="http://ontology.irstea.fr/frenchcropusage/"`
alors que dans *usageCulture20190909.rdf* c'est `xml:base="http://ontology.irstea.fr/cropusage/"`.
Du coup la mise en ligne ob...**Attention** : dans *usageCulture20200210.rdf*, on a `xml:base="http://ontology.irstea.fr/frenchcropusage/"`
alors que dans *usageCulture20190909.rdf* c'est `xml:base="http://ontology.irstea.fr/cropusage/"`.
Du coup la mise en ligne oblige à la création d'un nouveau dataset. Ce qui oblige à se poser la question de faire cohabiter les versions (qui seraient du coup dans deux dataset distincts).Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/14Vérification des contraintes de ifv_stades.owl avec skostune2020-07-06T16:56:30+02:00Bernard StephanVérification des contraintes de ifv_stades.owl avec skostuneskostune s'appuie sur un [jeu de requêtes](http://ontology.irstea.fr/pmwiki.php/Site/V%c3%a9rificationDesContraintesDuTh%c3%a9saurus) pour effectuer le vérification des contraintes.
La plupart de ces requêtes commencent par :
`SELECT ?c...skostune s'appuie sur un [jeu de requêtes](http://ontology.irstea.fr/pmwiki.php/Site/V%c3%a9rificationDesContraintesDuTh%c3%a9saurus) pour effectuer le vérification des contraintes.
La plupart de ces requêtes commencent par :
`SELECT ?concept WHERE { ?concept rdf:type skos:Concept (…)`
Or aucun skos:Concept n'est défini dans *ifv_stades.owl*.Roussey CatherineRoussey Catherinehttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/16catalogue officiel des semences2021-01-12T19:05:41+01:00Roussey Catherinecatalogue officiel des semencesil faut verifier que la classification des cultures proposées dans le catalogue officiel des semences est bien restitué dans le thesaurusil faut verifier que la classification des cultures proposées dans le catalogue officiel des semences est bien restitué dans le thesaurusRoussey CatherineRoussey Catherinehttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/9choix des iri perennes2020-06-03T14:24:12+02:00Roussey Catherinechoix des iri perennescomment generer des iri perennes dans d2kan en indiquant le propriétaire, IFV par exemple.
w3id.org est une solution basé sur la publication d'un gitlab.comment generer des iri perennes dans d2kan en indiquant le propriétaire, IFV par exemple.
w3id.org est une solution basé sur la publication d'un gitlab.Bernard StephanBernard Stephanhttps://gitlab.irstea.fr/copain/frenchcropusage/-/issues/14utiliser les properties issue de property vocabulary2021-01-12T19:13:23+01:00Roussey Catherineutiliser les properties issue de property vocabularyproperty vocabulary est un vocabulaire contenant toutes les propriétés objects utiles dans le domaine agricoleproperty vocabulary est un vocabulaire contenant toutes les propriétés objects utiles dans le domaine agricoleRoussey CatherineRoussey Catherinehttps://gitlab.irstea.fr/copain/d2kab/-/issues/6ontologie des relations2020-05-15T19:11:10+02:00Roussey Catherineontologie des relationsfaire une ontologie des relations agricoles comme relation ontologie de OBO foundry mais sans les axiomes que lies les propriétés aux classes OBO. reutilisation de l'ontologie de la FAO agrontology.faire une ontologie des relations agricoles comme relation ontologie de OBO foundry mais sans les axiomes que lies les propriétés aux classes OBO. reutilisation de l'ontologie de la FAO agrontology.Sophie AubinSophie Aubin