User-manual.md

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 - [The Open-Source Software **_Fudaa-LSPIV_**](User-Manual/General-information#computer-the-open-source-software-fudaa-lspiv)
 
 [**2. Getting started with _Fudaa-LSPIV_**](User-Manual/Getting-started-with-Fudaa-LSPIV)
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-- [Installation du logiciel **_Fudaa-LSPIV_**](User-Manual/Démarrer-avec-fudaa-lspiv#installation-du-logiciel-fudaa-lspiv)
-- [Langues](Manuel-utilisateur/Démarrer-avec-fudaa-lspiv#langues)
-- [Architecture de la fenêtre principale](Manuel-utilisateur/Démarrer-avec-fudaa-lspiv#architecture-de-la-fen%C3%AAtre-principale)
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-[**3. Commencer une étude _Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv)
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-- [Prérequis pour commencer une étude **_Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#pr%C3%A9requis-pour-commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv)
-- [Créer une nouvelle étude](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#cr%C3%A9er-une-nouvelle-%C3%A9tude)
-- [Ouvrir une étude existante](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#ouvrir-une-%C3%A9tude-existante)
-- [Architecture d’un projet **_Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#architecture-dun-projet-fudaa-lspiv)
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-[**4. Gestion des images sources**](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources)
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-- [Importer une séquence d’images](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources#importer-une-s%C3%A9quence-dimages)
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-- [Stabiliser une séquence d’images](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources#stabiliser-une-s%C3%A9quence-dimages)
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-[**5. Orthorectification des images**](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images)
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-- [Choix du mode d’orthorectification](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#choix-du-mode-dorthorectification)
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-   - [Changement de repère réel](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#changement-de-rep%C3%A8re-r%C3%A9el)
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-- [Orthorectification complète](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te)
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-[**6. Calcul de la vitesse de déplacement des traceurs**](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs)
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-- [Principes](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#principes)
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-- [Paramètres du calcul des déplacements](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#param%C3%A8tres-du-calcul-des-d%C3%A9placements)
-- [Grille de calcul](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#grille-de-calcul)
-- [Calcul des vitesses de déplacement des traceurs](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#calcul-des-vitesses-de-d%C3%A9placement-des-traceurs)
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-[**7. Post-traitement des vitesses calculées**](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calcul%C3%A9es)
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-- [Filtrage des résultats instantanés](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#filtrage-des-résultats-instantanés)
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-   - [2. Seuil vitesse](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#2-seuil-vitesse)
-   - [3. Seuil corrélation](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#3-seuil-corrélation)
-   - [4. Pic de corrélation](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#4-pic-de-corrélation)
-   - [5. Distribution des vitesses](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#5-distribution-des-vitesses)
-   - [6. Dispersion des vitesses perpendiculaires au transect](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#6-dispersion-des-vitesses-perpendiculaires au-transect) 
-   - [7. Dispersion angulaire](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#7-dispersion-angulaire)
-- [Moyenne des résultats](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#moyenne-des-résultats)
-- [Statistiques des résultats de vitesse](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#statistiques-des-résultats-de-vitesse)
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-[**8. Affichage des résultats de vitesse**](Manuel-utilisateur/affichage-des-résultats-de-vitesse)
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-- [Description des calques de résultats pour les calculs de vitesse](Manuel-utilisateur/affichage-des-résultats-de-vitesse#description-des-calques-de-résultats-pour-les-calculs-de-vitesse)
-- [Calque Vitesse](Manuel-utilisateur/affichage-des-résultats-de-vitesse#calque-vitesse)
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-[**9. Calcul du débit**](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit)
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-- [Spécifier un ou plusieurs transects bathymétriques](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#spécifier-un-ou-plusieurs-transects-bathymétriques)
-- [Inverser des transects](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#inverser-des-transects)
-- [Paramètres des transects](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#paramètres-des-transects)
-- [Calcul du débit](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#calcul-du-débit)
-- [Export du rapport de jaugeage](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#export-du-rapport-de-jaugeage)
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-[**11. Relancer les calculs d'une étude existante**](Manuel-utilisateur/relancer-les-calculs-dune-étude-existante)
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-- [Nettoyage des résultats de calcul](Manuel-utilisateur/relancer-les-calculs-dune-étude-existante#nettoyage-des-résultats-de-calcul)
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-[**12. Bug connus et parades**](Manuel-utilisateur/bug-connus-et-parades)
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-- [Le rapport de jaugeage n’est pas créé](Manuel-utilisateur/bug-connus-et-parades#le-rapport-de-jaugeage-nest-pas-créé)
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-[**13. Approfondissements**](Manuel-utilisateur/approfondissements)
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-- [Principe de la stabilisation](Manuel-utilisateur/approfondissements#principe-de-la-stabilisation)
-   - [Appariement des points](Manuel-utilisateur/approfondissements#appariement-des-points)
-   - [Estimation de la transformation](Manuel-utilisateur/approfondissements#estimation-de-la-transformation)
-- [Principe de l’orthorectification](Manuel-utilisateur/approfondissements#principe-de-lorthorectification-1)
-   - [Le modèle sténopé et sa résolution : cas général 3D](Manuel-utilisateur/approfondissements#le-modèle-sténopé-et-sa-résolution-cas-général-3d)
-   - [Le modèle sténopé et sa résolution : cas particulier 2D](Manuel-utilisateur/approfondissements#le-modèle-sténopé-et-sa-résolution-cas-particulier-2d)
-   - [Création des orthoimages](Manuel-utilisateur/approfondissements#création-des-orthoimages)
-- [Principes de la mesure de la vitesse de déplacement des traceurs](Manuel-utilisateur/approfondissements#principes-de-la-mesure-de-la-vitesse-de-déplacement-des-traceurs)
-- [Présentation détaillée des filtres](Manuel-utilisateur/approfondissements#présentation-détaillée-des-filtres)
-- [Principes du calcul de débit](Manuel-utilisateur/approfondissements#principes-du-calcul-de-débit)
-   - [Définition et interpolation du profil bathymétrique](Manuel-utilisateur/approfondissements#définition-et-interpolation-du-profil-bathymétrique)
-   - [Estimation de la vitesse moyenne en chaque point du transect](Manuel-utilisateur/approfondissements#estimation-de-la-vitesse-moyenne-en-chaque-point-du-transect)
-   - [Calcul du débit à travers chaque transect](Manuel-utilisateur/approfondissements#calcul-du-débit-à-travers-chaque-transect)
-
-[**14. Références bibliographiques**](#références-bibliographiques)
+- [Installation of the **_Fudaa-LSPIV_** software](User-Manual/Getting-started-with-fudaa-lspiv#installation-of-the-fudaa-lspiv-software)
+- [Languages](User-Manual/Getting-started-with-fudaa-lspiv#languages)
+- [Main window architecture](User-Manual/Getting-started-with-fudaa-lspiv#main-window-architecture)
+
+[**3. Start a _Fudaa-LSPIV_ study**](User-Manual/start-a-fudaa-lspiv-study)
+
+- [Requirements to start a **_Fudaa-LSPIV_** study](User-Manual/start-a-fudaa-lspiv-study#requirements-to-start-a-fudaa-lspiv-study)
+- [Create a new study](User-Manual/start-a-fudaa-lspiv-study#create-a-new-study)
+- [Open an existing study](User-Manual/start-a-fudaa-lspiv-study#open-an-existing-study)
+- [**_Fudaa-LSPIV_** project architecture](User-Manual/start-a-fudaa-lspiv-study#fudaa-lspiv-project-architecture)
+
+[**4. Managing source images**](User-Manual/managing-source-images)
+
+- [Import an image sequence](User-Manual/managing-source-images#import-an-image-sequence)
+- [Import a video and sequence it](User-Manual/managing-source-images#import-a-video-and-sequence-it)
+- [Stabilize an image sequence](User-Manual/managing-source-images#stabilize-an-image-sequence)
+
+[**5. Image orthorectification**](User-Manual/image-orthorectification)
+
+- [Choosing the orthorectification mode](User-Manual/image-orthorectification#choosing-the-orthorectification-mode)
+   - [Scaling](User-Manual/image-orthorectification#scaling)
+   - [Resolution definition](User-Manual/image-orthorectification#resolution-definition)
+   - [Changing the real reference frame](User-Manual/image-orthorectification#changing-the-real-reference-frame)
+   - [Defining orthoimage corners and water level](User-Manual/image-orthorectification#defining-orthoimage-corners-and-water-level)
+- [Complete orthorectification](User-Manual/complete-orthorectification)
+   - [Principles of orthorectification](User-Manual/complete-orthorectification#principles-of-orthorectification)
+   - [Positioning reference points](User-Manual/complete-orthorectification#positioning-reference-points)
+   - [Verifying the GRPs](User-Manual/complete-orthorectification#verifying-the-grps)
+- [Transformation parameters](User-Manual/complete-orthorectification#transformation-parameters)
+- [Transforming all images](User-Manual/complete-orthorectification#transforming-all-images)
+- [Downsampling transformed images](User-Manual/complete-orthorectification#downsampling-transformed-images)
+
+[**6. Calculating tracer displacement velocity**](User-Manual/calculating-tracer-displacement-velocity)
+
+- [Principles](User-Manual/calculating-tracer-displacement-velocity#principles)
+- [Manual velocity calculation](User-Manual/calculating-tracer-displacement-velocity#manual-velocity-calculation)
+- [Displacement calculation parameters](User-Manual/calculating-tracer-displacement-velocity#displacement-calculation-parameters)
+- [Calculation grid](User-Manual/calculating-tracer-displacement-velocity#calculation-grid)
+- [Calculating tracer displacement velocities](User-Manual/calculating-tracer-displacement-velocity#calculating-tracer-displacement-velocities)
+
+[**7. Post-processing of calculated velocities**](User-Manual/post-processing-calculated-velocities)
+
+- [Filtering instantaneous results](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#filtering-instantaneous-results)
+   - [1. Median test](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#1-median-test)
+   - [2. Velocity threshold](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#2-velocity-threshold)
+   - [3. Correlation threshold](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#3-correlation-threshold)
+   - [4. Correlation peak](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#4-correlation-peak)
+   - [5. Velocity distribution](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#5-velocity-distribution)
+   - [6. Velocity dispersion perpendicular to the transect](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#6-velocity-dispersion-perpendicular-to-the-transect)
+   - [7. Angular dispersion](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#7-angular-dispersion)
+- [Averaging the results](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#averaging-the-results)
+- [Statistics on velocity results](User-Manual/post-processing-calculated-velocities#statistics-on-velocity-results)
+
+[**8. Displaying velocity results**](User-Manual/displaying-velocity-results)
+
+- [Description of result layers for velocity calculations](User-Manual/displaying-velocity-results#description-of-result-layers-for-velocity-calculations)
+- [Velocity layer](User-Manual/displaying-velocity-results#velocity-layer)
+
+[**9. Discharge calculation**](User-Manual/discharge-calculation)
+
+- [Specifying one or more bathymetric transects](User-Manual/discharge-calculation#specifying-one-or-more-bathymetric-transects)
+- [Inverting transects](User-Manual/discharge-calculation#inverting-transects)
+- [Transect parameters](User-Manual/discharge-calculation#transect-parameters)
+- [Discharge calculation](User-Manual/discharge-calculation#discharge-calculation)
+- [Exporting the gauging report](User-Manual/discharge-calculation#exporting-the-gauging-report)
+
+[**11. Recalculating an existing study**](User-Manual/recalculating-an-existing-study)
+
+- [Cleaning calculation results](User-Manual/recalculating-an-existing-study#cleaning-calculation-results)
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+[**12. Known bugs and workarounds**](User-Manual/known-bugs-and-workarounds)
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+- [The gauging report is not generated](User-Manual/known-bugs-and-workarounds#the-gauging-report-is-not-generated)
+
+[**13. Further details**](User-Manual/further-details)
+
+- [Principles of stabilization](User-Manual/further-details#principles-of-stabilization)
+   - [Point matching](User-Manual/further-details#point-matching)
+   - [Transformation estimation](User-Manual/further-details#transformation-estimation)
+- [Principles of orthorectification](User-Manual/further-details#principles-of-orthorectification-1)
+   - [The pinhole model and its solution: General 3D case](User-Manual/further-details#the-pinhole-model-and-its-solution-general-3d-case)
+   - [The pinhole model and its solution: 2D specific case](User-Manual/further-details#the-pinhole-model-and-its-solution-2d-specific-case)
+   - [Creating orthoimages](User-Manual/further-details#creating-orthoimages)
+- [Principles of measuring tracer displacement velocity](User-Manual/further-details#principles-of-measuring-tracer-displacement-velocity)
+- [Detailed presentation of filters](User-Manual/further-details#detailed-presentation-of-filters)
+- [Principles of discharge calculation](User-Manual/further-details#principles-of-discharge-calculation)
+   - [Definition and interpolation of the bathymetric profile](User-Manual/further-details#definition-and-interpolation-of-the-bathymetric-profile)
+   - [Estimating the average velocity at each point on the transect](User-Manual/further-details#estimating-the-average-velocity-at-each-point-on-the-transect)
+   - [Calculating discharge across each transect](User-Manual/further-details#calculating-discharge-across-each-transect)
+
+[**14. Bibliographic references**](#bibliographic-references)
 
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