User-manual.md

+# Table of contents 
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+[**1. General information**](User manual/General-information)
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+- [Pourquoi la LSPIV](Manuel-utilisateur/Généralités#pourquoi-la-lspiv)
+- [Principes de la LSPIV](Manuel-utilisateur/Généralités#principes-de-la-lspiv)
+- [Le logiciel libre **_Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/Généralités#le-logiciel-libre-fudaa-lspiv)
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+[**2. Démarrer avec _Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/Démarrer-avec-fudaa-lspiv)
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+- [Installation du logiciel **_Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/Démarrer-avec-fudaa-lspiv#installation-du-logiciel-fudaa-lspiv)
+- [Langues](Manuel-utilisateur/Démarrer-avec-fudaa-lspiv#langues)
+- [Architecture de la fenêtre principale](Manuel-utilisateur/Démarrer-avec-fudaa-lspiv#architecture-de-la-fen%C3%AAtre-principale)
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+[**3. Commencer une étude _Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv)
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+- [Prérequis pour commencer une étude **_Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#pr%C3%A9requis-pour-commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv)
+- [Créer une nouvelle étude](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#cr%C3%A9er-une-nouvelle-%C3%A9tude)
+- [Ouvrir une étude existante](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#ouvrir-une-%C3%A9tude-existante)
+- [Architecture d’un projet **_Fudaa-LSPIV_**](Manuel-utilisateur/commencer-une-%C3%A9tude-fudaa-lspiv#architecture-dun-projet-fudaa-lspiv)
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+[**4. Gestion des images sources**](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources)
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+- [Importer une séquence d’images](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources#importer-une-s%C3%A9quence-dimages)
+- [Importer une vidéo et la séquencer](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources#importer-une-vid%C3%A9o-et-la-s%C3%A9quencer)
+- [Stabiliser une séquence d’images](Manuel-utilisateur/gestion-des-images-sources#stabiliser-une-s%C3%A9quence-dimages)
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+[**5. Orthorectification des images**](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images)
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+- [Choix du mode d’orthorectification](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#choix-du-mode-dorthorectification)
+   - [Mise à l’échelle](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#mise-%C3%A0-l%C3%A9chelle)
+   - [Définition de la résolution](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#d%C3%A9finition-de-la-r%C3%A9solution)
+   - [Changement de repère réel](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#changement-de-rep%C3%A8re-r%C3%A9el)
+   - [Définition des coins de l’orthoimage et niveau d’eau](Manuel-utilisateur/orthorectification-des-images#d%C3%A9finition-des-coins-de-lorthoimage-et-niveau-deau)
+- [Orthorectification complète](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te)
+   - [Principe de l’orthorectification](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te#principe-de-lorthorectification)
+   - [Positionnement des points de référence](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te#positionnement-des-points-de-r%C3%A9f%C3%A9rence)
+   - [Vérification des GRP](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te#v%C3%A9rification-des-grp)
+- [Paramètres de transformation](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te#param%C3%A8tres-de-transformation)
+- [Transformation de toutes les images](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te#transformation-de-toutes-les-images)
+- [Sous-échantillonnage des images transformées](Manuel-utilisateur/orthorectification-compl%C3%A8te#sous-%C3%A9chantillonnage-des-images-transform%C3%A9es)
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+[**6. Calcul de la vitesse de déplacement des traceurs**](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs)
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+- [Principes](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#principes)
+- [Calcul manuel des vitesses](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#calcul-manuel-des-vitesses)
+- [Paramètres du calcul des déplacements](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#param%C3%A8tres-du-calcul-des-d%C3%A9placements)
+- [Grille de calcul](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#grille-de-calcul)
+- [Calcul des vitesses de déplacement des traceurs](Manuel-utilisateur/calcul-de-la-vitesse-de-d%C3%A9placement-des-traceurs#calcul-des-vitesses-de-d%C3%A9placement-des-traceurs)
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+[**7. Post-traitement des vitesses calculées**](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calcul%C3%A9es)
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+- [Filtrage des résultats instantanés](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#filtrage-des-résultats-instantanés)
+   - [1. Test médian](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#1-test-médian)
+   - [2. Seuil vitesse](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#2-seuil-vitesse)
+   - [3. Seuil corrélation](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#3-seuil-corrélation)
+   - [4. Pic de corrélation](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#4-pic-de-corrélation)
+   - [5. Distribution des vitesses](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#5-distribution-des-vitesses)
+   - [6. Dispersion des vitesses perpendiculaires au transect](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#6-dispersion-des-vitesses-perpendiculaires au-transect) 
+   - [7. Dispersion angulaire](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#7-dispersion-angulaire)
+- [Moyenne des résultats](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#moyenne-des-résultats)
+- [Statistiques des résultats de vitesse](Manuel-utilisateur/post-traitement-des-vitesses-calculées#statistiques-des-résultats-de-vitesse)
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+[**8. Affichage des résultats de vitesse**](Manuel-utilisateur/affichage-des-résultats-de-vitesse)
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+- [Description des calques de résultats pour les calculs de vitesse](Manuel-utilisateur/affichage-des-résultats-de-vitesse#description-des-calques-de-résultats-pour-les-calculs-de-vitesse)
+- [Calque Vitesse](Manuel-utilisateur/affichage-des-résultats-de-vitesse#calque-vitesse)
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+[**9. Calcul du débit**](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit)
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+- [Spécifier un ou plusieurs transects bathymétriques](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#spécifier-un-ou-plusieurs-transects-bathymétriques)
+- [Inverser des transects](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#inverser-des-transects)
+- [Paramètres des transects](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#paramètres-des-transects)
+- [Calcul du débit](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#calcul-du-débit)
+- [Export du rapport de jaugeage](Manuel-utilisateur/calcul-du-débit#export-du-rapport-de-jaugeage)
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+[**11. Relancer les calculs d'une étude existante**](Manuel-utilisateur/relancer-les-calculs-dune-étude-existante)
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+- [Nettoyage des résultats de calcul](Manuel-utilisateur/relancer-les-calculs-dune-étude-existante#nettoyage-des-résultats-de-calcul)
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+[**12. Bug connus et parades**](Manuel-utilisateur/bug-connus-et-parades)
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+- [Le rapport de jaugeage n’est pas créé](Manuel-utilisateur/bug-connus-et-parades#le-rapport-de-jaugeage-nest-pas-créé)
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+[**13. Approfondissements**](Manuel-utilisateur/approfondissements)
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+- [Principe de la stabilisation](Manuel-utilisateur/approfondissements#principe-de-la-stabilisation)
+   - [Appariement des points](Manuel-utilisateur/approfondissements#appariement-des-points)
+   - [Estimation de la transformation](Manuel-utilisateur/approfondissements#estimation-de-la-transformation)
+- [Principe de l’orthorectification](Manuel-utilisateur/approfondissements#principe-de-lorthorectification-1)
+   - [Le modèle sténopé et sa résolution : cas général 3D](Manuel-utilisateur/approfondissements#le-modèle-sténopé-et-sa-résolution-cas-général-3d)
+   - [Le modèle sténopé et sa résolution : cas particulier 2D](Manuel-utilisateur/approfondissements#le-modèle-sténopé-et-sa-résolution-cas-particulier-2d)
+   - [Création des orthoimages](Manuel-utilisateur/approfondissements#création-des-orthoimages)
+- [Principes de la mesure de la vitesse de déplacement des traceurs](Manuel-utilisateur/approfondissements#principes-de-la-mesure-de-la-vitesse-de-déplacement-des-traceurs)
+- [Présentation détaillée des filtres](Manuel-utilisateur/approfondissements#présentation-détaillée-des-filtres)
+- [Principes du calcul de débit](Manuel-utilisateur/approfondissements#principes-du-calcul-de-débit)
+   - [Définition et interpolation du profil bathymétrique](Manuel-utilisateur/approfondissements#définition-et-interpolation-du-profil-bathymétrique)
+   - [Estimation de la vitesse moyenne en chaque point du transect](Manuel-utilisateur/approfondissements#estimation-de-la-vitesse-moyenne-en-chaque-point-du-transect)
+   - [Calcul du débit à travers chaque transect](Manuel-utilisateur/approfondissements#calcul-du-débit-à-travers-chaque-transect)
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+[**14. Références bibliographiques**](#références-bibliographiques)
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