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## integration des fichiers
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Pour décrire le thesaurus il existe 3 fichiers dans le répertoire dev:
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- frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel,
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- frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu: declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus, definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus.
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- frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus. Ce fichier importe l'ontologie précédente.
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Ces 3 fichiers doivent être utilisés pour ne créer qu'un seul fichier contenant l'ensemble des informations du thesaurus metadonnées, définition (ontologie) et contenu. Ce fichier final est celui qu'Agroportal telechargera dans le repertoire main.
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Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle version du thesaurus. La liste des sources normalement a été mises à jour. Ce fichier readme devra etre copier dans le repertoire de la version.
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- frenchCropUsage_metadata_latest.owl : un fichier metadonnees
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qui devrait s'appliquer à l'uri du thesaurus actuel,
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- frenchCropUsage_onto_latest.owl: le fichier contenant l'ontologie fcu:
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declaration de l'instance de skos:ConceptScheme représentant le thesaurus,
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definition de la classe crop et de plusieurs propriétés propres au thesaurus.
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- frenchCropUsage_thesaurus_latest.owl : le fichier contenant les instances
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de skos:Concept et les liens associés, c'est à dire le contenu du thesaurus.
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Ce fichier importe l'ontologie précédente.
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Ces 3 fichiers doivent être utilisés pour ne créer qu'un seul fichier contenant
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l'ensemble des informations du thesaurus metadonnées, définition (ontologie)
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et contenu. Ce fichier final est celui qu'Agroportal telechargera dans
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le repertoire main.
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Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle
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version du thesaurus. La liste des sources normalement a été mises à jour.
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|
Ce fichier readme devra etre copier dans le repertoire de la version.
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## tests à effectuer sur le fichier final
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- détecter les labels qui se terminent par un caractères incorrecte
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- détecter les labels qui se terminent par un caractère incorrect
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- détecter les dates associées à un tag de langue
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- détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts. L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts (pas besoin de refaire ce test).
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- les dates de modifications qui se répètent dans un même concept ou qui sont identiques à la date de création du concept.
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- détecter les labels redondants, communs à plusieurs concepts.
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L'outil skos play identifie ces labels communs à plusieurs concepts
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(pas besoin de refaire ce test).
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- les dates de modifications qui se répètent dans un même concept
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ou qui sont identiques à la date de création du concept.
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### Publication du 12/06/2023
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### Publication du 16/01/2024
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##### Labels qui se terminent par un caractère incorrect
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*Aucun*
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| ... | ... | @@ -21,69 +36,72 @@ Le fichier Readme du repertoire dev est le readme correspondant à la nouvelle v |
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*Aucun*
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##### Concepts liés qui ne sont pas définis
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`fcu:Pommiers_sauvages` est le skos:narrower de `fcu:Arbres_pepins`
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et n'est pas défini.
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*Aucun*
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##### prefLabels identiques
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| label | lang | crop1 | crop2 |
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|-------|------|-------|-------|
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| hemp |en | Chanvres | Chanvres_fibres |
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| parsley |en | Persils | Persils_odorants |
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| label |lang |crop1 |crop2 |
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|---|---|---|---|
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| hemp |en | res/Chanvres | res/Chanvres_fibres |
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| parsley |en | res/Persils | res/Persils_odorants |
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| wild apple |en | res/Pommiers_des_bois | res/Pommiers_sauvages |
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##### prefLabels qui sont altLabel d'un autre concept
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| label | lang | crop1 | crop2 |
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|-------|------|-------|-------|
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| jardins familiaux |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| églantier |fr | Eglantiers | Rosiers |
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|
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| jardin |fr | Jardins | Zones_non_agricoles |
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| lupin blanc |fr | Lupins_proteagineux_blancs | Lupins_engrais_verts |
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| lupin blanc de printemps |fr | Lupins_proteagineux_blancs_printemps | Lupins_engrais_verts |
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| mélilot jaune |fr | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_fourragers |
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|
|
|
| mélilot jaune |fr | Melilots_jaunes_engrais_verts | Melilots_officinales |
|
|
|
|
| mélilot officinal |fr | Melilots_officinales | Melilots_jaunes_engrais_verts |
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| label |lang |crop1 |crop2 |
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|---|---|---|---|
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|
| jardins familiaux |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
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|
| églantier |fr | res/Eglantiers | res/Rosiers |
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|
|
|
| jardin |fr | res/Jardins | res/Zones_non_agricoles |
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|
|
|
| lupin blanc |fr | res/Lupins_proteagineux_blancs | res/Lupins_engrais_verts |
|
|
|
|
| lupin blanc de printemps |fr | res/Lupins_proteagineux_blancs_printemps | res/Lupins_engrais_verts |
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|
|
|
| mélilot jaune |fr | res/Melilots_jaunes_engrais_verts | res/Melilots_fourragers |
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|
|
|
| mélilot jaune |fr | res/Melilots_jaunes_engrais_verts | res/Melilots_officinales |
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|
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| mélilot officinal |fr | res/Melilots_officinales | res/Melilots_jaunes_engrais_verts |
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| pommier sauvage |fr | res/Pommiers_sauvages | res/Pommiers_des_bois |
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|
##### altLabels identiques
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| label | lang | crop1 | crop2 |
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|
|-------|------|-------|-------|
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| faux anis |fr | Aneths | Cumins |
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| pépinière |fr | Arboriculture | Horticulture_ornementale |
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| cenelle |fr | Aubepines | Azeroliers |
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| figue |fr | Bananiers_musa | Figuiers |
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| betterave non fourragère |fr | Betteraves_potageres | Betteraves_sucrieres |
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| cougourde |fr | Calebasses | Courges |
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| carde |fr | Cardons | Poirees |
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| chicon |fr | Chicorees_de_Bruxelles | Laitues_romaines |
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| chicorée endive |fr | Chicorees_frisees | Chicorees_scaroles |
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| chou vert |fr | Choux_frisés | Choux_verts_non_pommes |
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| jardin familial |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| jardins ouvriers |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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|
| vergers familiaux |fr | Cultures_jardins_familiaux | Jardins |
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| haricot blanc |fr | Flageolets | Haricots_secs |
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| haricot coco |fr | Flageolets | Haricots_secs |
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| haricot nain |fr | Haricots | Haricots_verts |
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| haricot à rames |fr | Haricots | Haricots_verts |
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| haricot grain |fr | Haricots_demi_sec | Haricots_secs |
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| lupin bleu |fr | Lupins_engrais_verts | Lupins_fourragers |
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| lupin bleu |fr | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux |
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| lupin jaune |fr | Lupins_engrais_verts | Lupins_proteagineux |
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| lupin bleu |fr | Lupins_fourragers | Lupins_proteagineux |
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| petit trèfle jaune |fr | Lupulines | Melilots_fourragers |
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| mélilot jaune |fr | Melilots_fourragers | Melilots_officinales |
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| mûre |fr | Muriers | Ronces |
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| brugnon |fr | Nectariniers | Pechers |
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| pavot bleu |fr | Oeillettes | Pavots_ornementaux |
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| pamplemousse |fr | Pamplemoussiers | Pomelos |
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| persil cultivé |fr | Persils | Persils_odorants |
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| radis blanc |fr | Radis_chinois | Radis_potagers |
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| label |lang |crop1 |crop2 |
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|---|---|---|---|
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| faux anis |fr | res/Aneths | res/Cumins |
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| pépinière |fr | res/Arboriculture | res/Horticulture_ornementale |
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| cenelle |fr | res/Aubepines | res/Azeroliers |
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| figue |fr | res/Bananiers_musa | res/Figuiers |
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| betterave non fourragère |fr | res/Betteraves_potageres | res/Betteraves_sucrieres |
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| cougourde |fr | res/Calebasses | res/Courges |
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|
| carde |fr | res/Cardons | res/Poirees |
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| chicon |fr | res/Chicorees_de_Bruxelles | res/Laitues_romaines |
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|
| chicorée endive |fr | res/Chicorees_frisees | res/Chicorees_scaroles |
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|
| chou vert |fr | res/Choux_frisés | res/Choux_verts_non_pommes |
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| jardin familial |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
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|
| jardins ouvriers |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
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|
| vergers familiaux |fr | res/Cultures_jardins_familiaux | res/Jardins |
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| haricot blanc |fr | res/Flageolets | res/Haricots_secs |
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| haricot coco |fr | res/Flageolets | res/Haricots_secs |
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| haricot nain |fr | res/Haricots | res/Haricots_verts |
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| haricot à rames |fr | res/Haricots | res/Haricots_verts |
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| haricot grain |fr | res/Haricots_demi_sec | res/Haricots_secs |
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| lupin bleu |fr | res/Lupins_engrais_verts | res/Lupins_fourragers |
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| lupin bleu |fr | res/Lupins_engrais_verts | res/Lupins_proteagineux |
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| lupin jaune |fr | res/Lupins_engrais_verts | res/Lupins_proteagineux |
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| lupin bleu |fr | res/Lupins_fourragers | res/Lupins_proteagineux |
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| petit trèfle jaune |fr | res/Lupulines | res/Melilots_fourragers |
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| mélilot jaune |fr | res/Melilots_fourragers | res/Melilots_officinales |
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| mûre |fr | res/Muriers | res/Ronces |
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| brugnon |fr | res/Nectariniers | res/Pechers |
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| pavot bleu |fr | res/Oeillettes | res/Pavots_ornementaux |
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| pamplemousse |fr | res/Pamplemoussiers | res/Pomelos |
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| persil cultivé |fr | res/Persils | res/Persils_odorants |
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| radis blanc |fr | res/Radis_chinois | res/Radis_potagers |
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# Marche à suivre pour la publication
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## Outils
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La publication nécessite un [serveur SPARQL Apache jena-fuseki](https://jena.apache.org/documentation/fuseki2/).
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La publication nécessite un
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[serveur SPARQL Apache jena-fuseki](https://jena.apache.org/documentation/fuseki2/).
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|
Ce serveur SPARQL est lancé en mémoire pour permettre quelques requêtes
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|
de modification du thésaurus. D'autre part les outils *s-put*, *s-get*
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| ... | ... | @@ -106,13 +124,13 @@ git pull origin dev |
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protege pour en faire des exports ttl.
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|
2. Édition des exports *ttl* pour supprimer les properties, classes et instances
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redondants (ceux d'autres ontologies).
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Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
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Dans thesaurus, on garde l'instance (redondante) de frenchcropusage,
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qu'on versionne aussi. On la garde pour le `owl:imports`.
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3. Vérifier aussi qu'on a bien un `owl:versionIRI` et qu'il pointe
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sur l'URI de version. **Écrire l'URI sous la forme complète**
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(*\<http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/3.0>* au lieu de *:3.0*)
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4. Versionner les `owl:Ontology` (`fcu:/def/1.0` et `fcu:3.2` par exemple).
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Sauvegarder et fermer.
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4. Sauvegarder et fermer.
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5. Transformation des littéraux en URI. Au passage, on change les URI en
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`.irstea.fr` vers `.inrae.fr` s'il en reste :
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```sh
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| ... | ... | @@ -269,6 +287,7 @@ rm toto_forSkosPlay.ttl |
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|
```sh
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# S'il y a des conflits dans la branche dev : git reset --hard
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# On peut sans problèmes effacer les *_latest.ttl
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git checkout master
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export dt=$( date +'%Y%m%d' )
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export vers=3.3 # (← déjà fait, mais à ne pas oublier sinon).
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| ... | ... | @@ -297,10 +316,15 @@ git push # origin v$vers |
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# Si ça n'est pas déjà fait, ne pas oublier :
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|
export vers=3.3
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s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ \
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# Le port 3030 du serveur n'étant plus accessible,
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# on fait un pont ssh dans un autre terminal,
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# **après avoir stoppé le serveur local** :
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ssh -N -L 3030:localhost:3030 ontology
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s-put http://localhost:3030/frenchcropusage/ \
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http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/$vers \
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|
frenchCropUsage_latest.ttl
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s-put http://ontology.inrae.fr:3030/frenchcropusage/ default \
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|
s-put http://localhost:3030/frenchcropusage/ default \
|
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|
frenchCropUsage_latest.ttl
|
|
|
|
```
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|
|
| ... | ... | @@ -366,13 +390,13 @@ Il faut mettre à jour la version déréférencée par [http://ontology.inrae.fr |
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|
ssh ontology
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cd /var/lib/tomcat9/webapps/frenchcropusage/WEB-INF/
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sudo micro config.ttl
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sudo mg -n config.ttl
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## Changer la valeur de conf:indexResource
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## ET aussi de conf:sparqlDefaultGraph (un peu en dessous)
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sudo systemctl restart tomcat9.service
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sudo micro /etc/apache2/sites-available/proxy-jena.conf
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sudo mg -n /etc/apache2/sites-available/proxy-jena.conf
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# Adapter la réécriture de la condition /frenchcropusage/def :
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# RewriteCond "%{REQUEST_URI}" "/frenchcropusage/def/?$"
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# RewriteRule "/frenchcropusage/def/?$" "http://ontology.inrae.fr/frenchcropusage/def/1.1" [P,L]
|
| ... | ... | |
