README.md

singularity-peshmelba

Contenairisation avec singularity de l'application PESHMELBA pour Emilie Rouzies

• Un dossier peshmelba-standalone qui fonctionnera sur toutes machines avec singularity installé
• Un dossier spécifique pour faire tourner l'application sur le MESO@LR

BUILD

singularity build --sandbox peshmelba.sif peshmelba.def

USAGE

Where $SCRATCH is directory with write-access

singularity exec --writable --bind $SCRATCH/INPUT1/:/opt/INPUT,$SCRATCH/OUTPUT1:/opt/OUTPUT  /root/peshmelba.sif bash -c "cd /opt/PESHMELBA && ./run_mpi1.sh"

USAGE on MESO@LR

Don't forget to adapt the file to your needs :

sbatch slurm-peshmelba-singularity.sh