mise en ligne des scripts

ui.R

+library(shinydashboard)
+shinyUI(dashboardPage(
+  dashboardHeader(title = "Easy16S"),
+  dashboardSidebar(
+    tags$div(
+      title = "Fichier d'abondance au format BIOM produit avec FROGS avec 'FROGS BIOM to std BIOM'",
+      fileInput(
+        "fileBiom",
+        label = h4("Fichier d'abondance :"),
+        placeholder = "data.biom"
+      ),
+      radioButtons(
+        "biomFormat",
+        label = NULL,
+        inline = TRUE,
+        choices = list(`STD BIOM` = "std",
+                       `FROGS BIOM` = "frogs"),
+        selected = "std"
+      )
+    ),
+    tags$div(
+      style = "text-align:center",
+      title = "Rarefier les données avec un tirage aléatoire pour supprimer l'effet de la profondeur de séquençage",
+      checkboxInput("rareData", label = "Rarefier les donnees.", value = TRUE),
+      textOutput("rarefactionMin")
+    ),
+    tags$div(
+      title = "Tableau de métadonnées avec en colonne les variables, en ligne les échantillons. \nAssurez vous de bien respecter l'ortographe des noms d'échantillons (1ère colonne). \nL'import d'une table excel est possible mais déconseillé.",
+      fileInput(
+        "fileMeta",
+        label = h4("Metadata :"),
+        placeholder = "data.csv"
+      )
+    ),
+    radioButtons(
+      "CSVsep",
+      label = "CSV Séparateur",
+      inline = TRUE,
+      choices = list(
+        `<tab>` = "\t",
+        `,` = ",",
+        `;` = ";",
+        excel = "excel"
+      )
+    ),
+    tags$div(
+      title = "Arbre phylogéniques des OTU enracinné",
+      fileInput(
+        "fileTree",
+        label = h4("Arbre :"),
+        placeholder = "data.nwk"
+      )
+    ),
+    tags$div(
+      title = "Séquences FASTA des OTU",
+      fileInput(
+        "fileSeq",
+        label = h4("Séquences de references :"),
+        placeholder = "data.fasta"
+      )
+    )
+  ),
+  dashboardBody(
+    tabsetPanel(
+      tabPanel(
+        "Summary",
+        verbatimTextOutput("phyloseqPrint"),
+        uiOutput("summaryTable")
+      ),
+      tabPanel(
+        "Histo global",
+        plotOutput("histo", height = 700),
+        uiOutput("histUI")
+      ),
+      tabPanel(
+        "Histo selectif",
+        plotOutput("histoFocus", height = 700),
+        box(
+          title = "Paramètres",
+          width = NULL,
+          status = "primary",
+          uiOutput("histFocusUIfocusRank"),
+          uiOutput("histFocusUIfocusTaxa"),
+          uiOutput("histFocusUIfocusNbTaxa"),
+          uiOutput("histFocusUIfocusGrid"),
+          uiOutput("histFocusUIfocusX")
+        )
+      ),
+      tabPanel(
+        "Clustering",
+        plotOutput("clust", height = 700),
+        uiOutput("clustUI")
+      ),
+      tabPanel("Richesse alpha", box(
+        width = NULL, tabsetPanel(
+          tabPanel(
+            "Courbes",
+            htmlOutput("rarefaction"),
+            plotOutput("richnessA", height = 700),
+            uiOutput("richnessAUI")
+          ),
+          tabPanel("Tables", uiOutput("richnessATable"))
+        )
+      )),
+      tabPanel(
+        "Richesse beta",
+        selectInput(
+          "richnessBDist",
+          label = "Distance :",
+          choices = list(
+            "bray",
+            "jaccard",
+            "unifrac",
+            "wunifrac",
+            "dpcoa",
+            "jsd",
+            "euclidean"
+          )
+        ),
+        box(width = NULL, tabsetPanel(
+          tabPanel(
+            "Heatmap",
+            plotOutput("richnessB", height = 700),
+            uiOutput("richnessBUI")
+          ),
+          tabPanel(
+            "Networks",
+            plotOutput("networkB", height = 700),
+            uiOutput("networkBUI")
+          ),
+          tabPanel("Tables", uiOutput("richnessBTable"))
+        ))
+      ),
+      tabPanel(
+        "Courbe de rarefaction",
+        plotOutput("rarefactionCurve", height = 700),
+        uiOutput("rarefactionCurveUI")
+      ),
+      tabPanel(
+        "Arbre phylo",
+        plotOutput("tree", height = 700),
+        uiOutput("treeUI")
+      ),
+      tabPanel(
+        "Heatmap",
+        plotOutput("Heatmap", height = 700),
+        uiOutput("HeatmapUI")
+      ),
+      tabPanel("Analyses multivariées", plotOutput("acp", height = 700), uiOutput("acpUI")),
+      tabPanel(
+        "et plus ...",
+        div(
+          "Merci d'adresser vos remarques, bugs, demandes, besoins et conseils à ",
+          a(href = "mailto:cedric.midoux@irstea.fr?subject=[Easy16S]", "cedric.midoux@irstea.fr")
+        )
+      )
+    )
+  )
+))
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