recompile

.gitignore

+.DS_Store
+*.xlsx
+*.csv
+CEPAZ_Zone_Etude_et_ZP/*

exploration.Rmd

+---
+title: "EXPLORATION HABITATS CEPAZ"
+author: "Isabelle Boulangeat"
+date: "22/01/2020"
+output: 
+  md_document:
+     variant: markdown_github
+editor_options: 
+  chunk_output_type: console
+---
+
+```{r setup, include=FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
+```
+
+## Reading data
+
+```{r load_data}
+library("openxlsx")
+datphyto = read.xlsx("releves_phyto_CEPAZ_2013+.xlsx")
+head(datphyto)  
+
+library(rgdal)
+polyZone = readOGR("CEPAZ_Zone_Etude_et_ZP", "CEPAZ_Zones_Pastorales")
+head(polyZone@data)
+nrow(polyZone@data)
+
+tabZP = read.csv2("ZP_table.csv", encoding = "UTF-8")
+head(tabZP)
+colnames(tabZP)[1] = "CODE"
+nrow(tabZP)
+
+status = read.xlsx("stat_taxons_zp_statuts.xlsx")
+head(status)
+nrow(status)
+```
+
+## Taille des ZP repr??sent??es
+```{r ZP_size, fig=TRUE}
+library(dplyr)
+library(ggplot2)
+
+# taille des ZP repr??sent??es
+tabZP_phyto = merge(tabZP, datphyto, by = "CODE", all=FALSE)
+tabZP_phyto$dataset = "phyto" 
+tabZP_points = merge(tabZP, status, by = "CODE", all=FALSE)
+tabZP_points$dataset = "points" 
+
+tabZP$dataset = "all"
+selectCol = c("CODE", "dataset", "SURFACE")
+rbind(tabZP_phyto[, selectCol], tabZP_points[, selectCol], tabZP[, selectCol]) %>%
+  ggplot(aes(SURFACE, fill=dataset, colour = dataset, stat(density))) +
+  geom_histogram(alpha=0.2, position = "identity")
+```
+
+## Simple stats
+```{r simple_statistiques}
+# nb ZP o?? il y a (au moins) un releve phyto 
+length(unique(datphyto$CODE))
+
+# nombre de releve phyto par ZP
+zp_releve = datphyto %>% group_by(CODE) %>% summarise(n = length(unique(numchrono)))
+summary(zp_releve$n)
+
+# nb de ZP o?? il y a (au moins) une observation d'espece
+length(unique(status$CODE))
+
+# ann??es 1ere et derniere observations
+summary(status$`_min`)
+summary(status$`_max`)
+
+# couper ?? 2013 (pour avoir la m??me donn??e que les relev??s phyto)
+status2013 = status[which(status$`_max`>=2013),]
+length(unique(status2013$CODE))
+```
+
+
+# Diversit?? alpha des ZP
+```{r diversite_alpha, fig=TRUE}
+# nombre d'especes par ZP, par observations points
+zp_espece = status2013 %>% group_by(CODE) %>% summarise(sp_richness = length(unique(numtaxon)))
+summary(zp_espece$sp_richness)
+
+# nombre d'especes par ZP, par releves phyto 
+zp_espece_phyto = datphyto %>% group_by(CODE) %>% summarise(sp_richness_phyto = length(unique(numtaxon)))
+summary(zp_espece_phyto$sp_richness_phyto)
+
+# comparaison des 2 jeux de donn??es
+zp_espece.all = merge(zp_espece, zp_espece_phyto, all.x=TRUE, all.y = TRUE, by = "CODE")
+head(zp_espece.all)
+nrow(zp_espece.all)==length(unique(status2013$CODE))
+
+zp_espece.all %>% 
+  ggplot(aes(sp_richness, sp_richness_phyto)) +
+  geom_point(shape=19) +
+  geom_smooth() +
+  geom_abline(intercept = 0, slope=1)
+```
+
+Le jeu de donn??es phytosociologique sous-estime la diversit?? par rapport au jeu de donn??es d'observations individuelles, surtout pour les niveaux de richesse > 100 esp??ces.
+
+## Analyse par d??partement et milieu
+```{r diversity_groups, fig=TRUE}
+zp_espece$dataset = "points"
+zp_espece_phyto$dataset = "phyto"
+names(zp_espece_phyto)[2] = "sp_richness"
+zp_espece.all2 = rbind(zp_espece, zp_espece_phyto)
+dat_div = merge(tabZP[,-which(colnames(tabZP)=="dataset")], zp_espece.all2, by="CODE", all.x=TRUE)
+head(dat_div)
+
+dat_div %>% 
+  ggplot(aes(MILIEU, sp_richness, fill = dataset)) +
+  geom_boxplot(notch=TRUE) + 
+  stat_boxplot(na.rm=TRUE) +
+  ylim(0,100) 
+
+dat_div %>% group_by(MILIEU) %>%
+  ggplot(aes(MILIEU, sp_richness, fill = dataset)) +
+  geom_boxplot(notch=TRUE) + 
+  stat_boxplot(na.rm=TRUE) +
+  ylim(0,100) +
+  facet_wrap(~INSEEDEP)
+
+```
+
+# Statut des esp??ces des ZP
+Nombre et proportion d'esp??ces liste rouge parmi les esp??ces relev??es
+Rappel:  Eteinte (EX), Eteinte ?? l?????tat sauvage (EW), En danger critique (CR), En danger (EN), Vuln??rable (VU), Quasi menac??e (NT), Pr??occupation mineure (LC), Donn??es insuffisantes (DD), Non ??valu??e (NE).
+
+```{r status_especes}
+sp_phyto = unique(datphyto$numtaxon)
+length(sp_phyto)
+sp_points = unique(status2013$numtaxon)
+length(sp_points)
+length(unique(status$numtaxon))
+
+table(unique(status2013[, c("numtaxon", "lr_fr")])$lr_fr)
+
+status_phyto= status[which(status$numtaxon %in% datphyto$numtaxon),]
+length(unique(status_phyto$numtaxon)) == length(unique(datphyto$numtaxon))
+# attention 3 especes n'ont pas de statut attribu??
+table(unique(status_phyto[, c("numtaxon", "lr_fr")])$lr_fr)
+```
+On voit bien que les observations ponctuelles r??pertorient plus d'esp??ces vuln??rables.
+