Utilise un nom de classe plutôt qu'un id dans les services.

src/Resources/config/services.yml

@@ -19,7 +19,7 @@ services:
     # Le gestionnaire de fichiers
     irstea_file_upload.file_manager:
         class: Irstea\FileUploadBundle\Entity\Repository\UploadedFileRepository
-        factory:  [ "@doctrine.orm.entity_manager", getRepository ]
+        factory:  [ "@Doctrine\\Common\\Persistence\\ObjectManager", getRepository ]
         arguments:
             - "%irstea_file_upload.entity%"
         calls: